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农村自建房办房产证要去县级不动产登记机构办理。
在农村自建房办理房产证，其核心的负责部门是县级不动产登记机构。这是因为依据《不动产登记暂行条例》，国家对不动产实行统一登记制度，而县级以上地方人民政府应当确定一个部门为本行政区域的不动产登记机构，负责不动产登记工作。
在实际操作中，整个办理流程还可能涉及到其他一些相关部门。建房者需要向当地的乡镇政府提出建房申请。乡镇政府的相关部门，比如规划建设办公室等，会对建房申请进行审核。他们会审查建房是否符合乡镇的总体规划、土地利用规划等要求。只有通过了乡镇政府的审核，建房者才能够合法地进行自建房的建设。
房屋建成后，在申请办理房产证时，虽然主要是在县级不动产登记机构完成登记手续，但在此之前可能还需要经过乡镇国土资源所的实地测量和调查。乡镇国土资源所会对房屋的占地面积、建筑面积、四至界限等进行准确测量和核实，确保房屋的建设符合土地管理的相关规定。
然后，建房者将相关的申请材料，如身份证、宅基地使用权证明、房屋符合城乡规划的证明等，提交给县级不动产登记机构。县级不动产登记机构会对提交的材料进行全面审查，经过审核无误后，才会给予办理房产证。
总之，农村自建房办理房产证主要是在县级不动产登记机构，但在前期的申请和审核过程中，乡镇政府及相关部门也发挥着重要的作用。
法律依据：
《城市房地产管理法》 第四条
国家根据社会、经济发展水平，扶持发展居民住宅建设，逐步改善居民的居住条件。
第七条
国务院建设行政主管部门、土地管理部门依照国务院规定的职权划分，各司其职，密切配合，管理全国房地产工作。县级以上地方人民政府房产管理、土地管理部门的机构设置及其职权由省、自治区、直辖市人民政府确定。
