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分居两地办理离婚手续分为协议离婚和诉讼离婚两种方式。协议离婚需双方共同到一方常住户口所在地婚姻登记机关办理；诉讼离婚可向被告住所地或经常居住地法院提起，特殊情况可在原告住所地法院起诉。
在分居两地的情况下，若夫妻双方决定结束婚姻关系，有协议离婚和诉讼离婚两种途径。
协议离婚：依据《婚姻登记条例》规定，内地居民自愿离婚的，男女双方应共同到一方当事人常住户口所在地的婚姻登记机关办理离婚登记。即便夫妻分居两地，也必须双方亲自前往其中一方常住户口所在地的婚姻登记处。办理时需携带本人户口簿、身份证、结婚证以及双方共同签署的离婚协议书等材料。婚姻登记机关会对相关证件和证明材料进行审查，若查明双方确实是自愿离婚，且对子女抚养、财产及债务处理等事项协商一致，予以登记，发给离婚证。
诉讼离婚：通常遵循“原告就被告”原则，即原告需向被告住所地的人民法院提起离婚诉讼。若被告住所地与经常居住地不一致，由经常居住地人民法院管辖。经常居住地指公民离开住所地至起诉时已连续居住一年以上的地方，但公民住院就医的地方除外。
不过存在一些特殊情况，比如被告不在中华人民共和国领域内居住、下落不明或者宣告失踪、被采取强制性教育措施、被监禁等，此时原告可在自己住所地的人民法院提起离婚诉讼；若原告住所地与经常居住地不一致，则由原告经常居住地人民法院管辖。在诉讼过程中，要准备好起诉状、证据材料等。法院会先进行调解，若调解无效且认定夫妻感情确已破裂，会判决准予离婚。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第一千零七十九条
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
