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借款合同约定仲裁，一般情况下借款人不能起诉对方，而应按约定申请仲裁，但存在特殊情形时可以起诉。
在法律规定中，仲裁和诉讼是两种不同的争议解决方式。根据《中华人民共和国仲裁法》第五条规定，当事人达成仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外。这意味着当借款合同中明确约定了仲裁条款，且该仲裁条款有效时，双方就应遵循这一约定，通过仲裁来解决争议，借款人不能直接向法院起诉。
仲裁协议有效需满足一定条件。仲裁协议应当具有请求仲裁的意思表示、仲裁事项以及选定的仲裁委员会。例如，借款合同中清晰写明“双方如发生争议，提交[具体仲裁委员会名称]进行仲裁”，这样的表述就符合有效仲裁协议的要求。
然而，存在一些特殊情况，借款人可以起诉对方。如果仲裁协议无效，借款人就可以向法院起诉。仲裁协议无效的情形包括：约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围；无民事行为能力人或者限制民事行为能力人订立的仲裁协议；一方采取胁迫手段，迫使对方订立仲裁协议等。
此外，如果双方在事后达成了新的协议，一致同意放弃原仲裁协议，改为通过诉讼方式解决争议，那么借款人也可以向法院起诉。还有一种情况是，当一方向法院起诉时未声明有仲裁协议，而另一方在首次开庭前未对法院受理该案提出异议的，视为放弃仲裁协议，法院可以继续审理该案件。所以，借款合同约定仲裁后，借款人通常应通过仲裁解决纠纷，但在仲裁协议无效等特定情形下，是可以起诉对方的。
法律依据：
《中华人民共和国仲裁法》 第三条
下列纠纷不能仲裁：
（一）婚姻、收养、监护、扶养、继承纠纷；
（二）依法应当由行政机关处理的行政争议。
第四条
当事人采用仲裁方式解决纠纷，应当双方自愿，达成仲裁协议。没有仲裁协议，一方申请仲裁的，仲裁委员会不予受理。
第五条
当事人达成仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外。
