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房屋产权不明确时，法院会根据具体情况进行不同处理。若存在合同等基础法律关系，会审查合同效力等因素确定产权归属；若证据不足无法查明产权，可能驳回当事人的诉讼请求；涉及行政登记问题可能会中止民事诉讼，待行政程序解决后再继续审理。
在司法实践中，当房屋产权不明确而诉至法院时，法院会依据不同情形作出相应判决。如果当事人之间存在关于房屋的合同等基础法律关系，法院会着重审查该法律关系的效力和履行情况。例如，在房屋买卖合同纠纷中，法院会审查合同是否依法成立、是否存在无效或可撤销的情形。若合同有效且一方已经按照合同约定履行了主要义务，如支付了全部购房款并实际占有房屋，法院可能会判决房屋产权归该方所有。这是因为合同是当事人之间意思自治的体现，在符合法律规定的情况下，应当受到法律保护。
若当事人提供的证据不足以证明房屋产权的归属，法院可能会驳回当事人的诉讼请求。根据民事诉讼“谁主张，谁举证”的原则，主张房屋产权的一方需要提供充分的证据来支持自己的主张。如果证据存在瑕疵或无法形成完整的证据链，法院无法根据现有证据确定产权归属，就会作出驳回诉讼请求的判决。这也是为了保证司法裁判的公正性和严肃性，避免仅凭模糊不清的证据就作出产权归属的认定。
如果房屋产权不明确是由于行政登记问题导致的，比如房屋登记错误、登记程序违法等，法院可能会中止民事诉讼程序。因为行政登记具有公定力，在行政登记的效力未确定之前，法院难以直接对房屋产权作出判决。此时，法院会告知当事人先通过行政复议或行政诉讼等途径解决行政登记问题，待行政程序结束，行政登记的效力明确后，再恢复民事诉讼程序并作出判决。法院在处理房屋产权不明确的案件时，会综合考虑各种因素，依据法律规定和证据情况作出公正合理的判决。
法律依据：
《中华人民共和国城市房地产管理法》 第六十条
国家实行土地使用权和房屋所有权登记发证制度。
《中华人民共和国民法典》 第二百零九条
不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。依法属于国家所有的自然资源，所有权可以不登记。
《中华人民共和国民法典》 第二百一十四条
不动产物权的设立、变更、转让和消灭，依照法律规定应当登记的，自记载于不动产登记簿时发生效力。
