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工程违法分包时，承包人会面临多种处理方式，包括被责令改正、没收违法所得、罚款、停业整顿、降低资质等级、吊销资质证书等，还可能需对因违法分包造成的损失承担赔偿责任。
从法律规定层面来看，《中华人民共和国建筑法》和《建设工程质量管理条例》等相关法律法规对工程违法分包作出了明确的禁止性规定。根据《建设工程质量管理条例》第六十二条规定，承包单位将承包的工程违法分包的，责令改正，没收违法所得，处工程合同价款0.5%以上1%以下的罚款；可以责令停业整顿，降低资质等级；情节严重的，吊销资质证书。这意味着一旦被认定为违法分包，相关行政主管部门有权采取一系列行政处罚措施。
对于责令改正这一措施，是要求承包人立即停止违法分包行为，将工程恢复到合法的承包状态。例如，承包人需要解除与违法分包单位的分包合同，重新按照合法的程序进行工程的实施和管理。
没收违法所得是针对承包人通过违法分包所获取的非法利益进行收缴。这部分所得通常是承包人从违法分包中额外获得的利润，收缴这部分款项旨在剥夺其因违法行为所获得的经济利益，起到惩戒作用。
罚款则是根据工程合同价款的一定比例进行计算。罚款的目的不仅是对违法行为的经济制裁，也是为了警示其他承包人不得进行类似的违法活动。
责令停业整顿、降低资质等级和吊销资质证书属于较为严厉的处罚措施。责令停业整顿会使承包人在一定期限内无法继续承接新的工程业务，这将对其经营活动产生重大影响。降低资质等级会限制承包人可承接工程的规模和范围，而吊销资质证书则意味着承包人将丧失从事相关工程承包业务的资格。
在民事责任方面，如果因违法分包导致工程出现质量问题、工期延误等情况，给建设单位或其他相关方造成损失的，承包人要承担相应的赔偿责任。这种赔偿责任可能包括直接损失和间接损失，如工程修复费用、因工期延误导致的建设单位的额外支出等。
法律依据：
《建筑法》 第二十八条
禁止承包单位将其承包的全部建筑工程转包给他人，禁止承包单位将其承包的全部建筑工程肢解以后以分包的名义分别转包给他人。
第六十七条
承包单位将承包的工程转包的，或者违反本法规定进行分包的，责令改正，没收违法所得，并处罚款，可以责令停业整顿，降低资质等级；情节严重的，吊销资质证书。承包单位有前款规定的违法行为的，对因转包工程或者违法分包的工程不符合规定的质量标准造成的损失，与接受转包或者分包的单位承担连带赔偿责任。
