非法经营和违规经营在违法程度、违反的法律法规、法律后果等方面存在区别。非法经营较为严重,通常违反国家规定且达到一定危害程度;违规经营相对较轻,一般是违反行业规范或一般性管理规定。
从定义和本质来看,非法经营是指未经许可经营专营、专卖物品或其他限制买卖的物品,买卖进出口许可证、进出口原产地证明以及其他法律、行政法规规定的经营许可证或者批准文件,以及从事其他非法经营活动,扰乱市场秩序,情节严重的行为。它本质上是一种严重违反国家法律规定,对市场秩序造成较大破坏的行为。而违规经营是指企业或个人在经营活动中违反了相关的行业规范、管理规定或操作规程,但不一定达到违反国家法律的程度,更多的是违反了一些主管部门制定的规则。
违反的法律法规不同。非法经营违反的是国家层面的法律和行政法规,如《中华人民共和国刑法》中关于非法经营罪的规定。一旦构成非法经营罪,就会触犯刑法。违规经营主要违反的是行业主管部门制定的规章、制度、办法等,比如一些行业协会制定的自律规范,或者地方政府部门出台的管理办法等。
两者的法律后果差异明显。非法经营如果达到情节严重的标准,要承担刑事责任,可能会被判处有期徒刑、拘役,并处罚金。例如,未经许可经营烟草专卖品,情节严重的,就会构成非法经营罪。而违规经营一般承担的是行政责任,通常是由相关主管部门给予警告、罚款、责令改正、吊销营业执照等行政处罚。比如企业未按照规定进行年度报告公示,可能会被工商部门列入经营异常名录。
在行为的危害程度上,非法经营对市场秩序的破坏更为严重,往往涉及到国家重点监管的领域,如金融、烟草、食盐等。违规经营的危害相对较小,主要是对局部的市场秩序或经营管理秩序产生一定影响。

法律依据:
《中华人民共和国刑法》 第二百二十五条
违反国家规定,有下列非法经营行为之一,扰乱市场秩序,情节严重的,处五年以下有期徒刑或者拘役,并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金;情节特别严重的,处五年以上有期徒刑,并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产:
(一)未经许可经营法律、行政法规规定的专营、专卖物品或者其他限制买卖的物品的;
(二)买卖进出口许可证、进出口原产地证明以及其他法律、行政法规规定的经营许可证或者批准文件的;
(三)未经国家有关主管部门批准非法经营证券、期货、保险业务的,或者非法从事资金支付结算业务的;
(四)其他严重扰乱市场秩序的非法经营行为。