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法院在面对伤残鉴定有争议的情况时，会依据相关证据、鉴定规则及法律规定进行综合判断后作出判决。可能会重新鉴定，结合其他证据审查，最终根据事实和法律得出合理的判决结果。
在司法实践中，当伤残鉴定存在争议时，法院有着一套严谨的处理流程和判决依据。法院会审查引发争议的原因。如果一方当事人对鉴定机构的资质、鉴定程序的合法性、鉴定所依据的材料真实性等方面提出质疑，法院会要求相关方提供证据来支持这些质疑。
若质疑有合理依据，法院通常会启动重新鉴定程序。重新鉴定会委托更具权威性、中立性的鉴定机构进行，以确保鉴定结果的科学性和公正性。比如，原鉴定机构在鉴定过程中违反了回避原则，或者所采用的鉴定标准已经过时，法院就会倾向于重新鉴定。
在等待重新鉴定结果的同时，法院也会结合案件中的其他证据进行审查。这些证据包括事故现场的勘查报告、医院的诊断记录、证人证言等。这些证据可以辅助法院对伤者的实际伤残情况有更全面的了解。例如，证人证言能够描述伤者受伤后的实际行动能力和生活状况，与鉴定结果相互印证或补充。
如果重新鉴定的结果与原鉴定结果存在较大差异，法院会综合考虑两次鉴定的过程和依据，判断哪一个结果更符合事实。同时，法院会根据相关的法律法规来确定赔偿标准和责任承担。比如，在人身损害赔偿案件中，会依据《民法典》等法律规定，结合伤残等级确定赔偿金额。
法院在处理伤残鉴定有争议的案件时，会以事实为依据，以法律为准绳，通过严谨的审查和判断，作出公正合理的判决，以保障当事人的合法权益。
法律依据：
《中华人民共和国民事诉讼法》 第八十一条
当事人对鉴定意见有异议或者人民法院认为鉴定人有必要出庭的，鉴定人应当出庭作证。经人民法院通知，鉴定人拒不出庭作证的，鉴定意见不得作为认定事实的根据；支付鉴定费用的当事人可以要求返还鉴定费用。
