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小产权房通常无法办理合法的房产证。因为小产权房是指在农村集体土地上建设的房屋，未办理相关证件，未缴纳土地出让金等费用，其产权证不是由国家房管部门颁发，而是由乡政府或村政府颁发。
要明确小产权房的土地性质。小产权房所占用的土地一般是集体土地，根据我国相关法律规定，集体土地的使用和流转受到严格限制。集体土地主要用于农业生产和农村建设，在集体土地上建设的用于非农业居住的小产权房，没有经过合法的土地征收和出让程序，所以不符合办理正规房产证的条件。
房产证的办理需要一系列合法的手续。正规的房产在建设前需要取得建设用地规划许可证、建设工程规划许可证、国有土地使用证、建筑工程施工许可证以及商品房预售许可证等五证。而小产权房大多数情况下是没有这些合法证件的，缺少这些必要的手续，就无法通过正常的途径向不动产登记机构申请办理房产证。
即便有些小产权房有由乡政府或村政府颁发的所谓“房产证”，这种证件也不具有法律效力，不能在市场上进行合法的交易和抵押。它只是一种村集体内部的产权证明，不能等同于国家认可的房产证。
虽然在个别地区可能存在对小产权房进行整改和合法化的尝试，但这也是在符合一定政策和条件的情况下进行的，并不是普遍现象。而且这种整改往往涉及到补缴土地出让金、完善相关手续等一系列复杂的程序，并且最终能否办理合法房产证也存在不确定性。所以，总体而言，小产权房办理合法房产证是非常困难甚至是几乎不可能的。
法律依据：
《不动产登记暂行条例》 第二十二条
登记申请有下列情形之一的，不动产登记机构应当不予登记，并书面告知申请人：
（一）违反法律、行政法规规定的；
（二）存在尚未解决的权属争议的；
（三）申请登记的不动产权利超过规定期限的；
（四）法律、行政法规规定不予登记的其他情形。
