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补充侦查后仍证据不足，公安机关应当撤销案件；如果案件已移送审查起诉，检察机关可以作出不起诉决定。
在司法实践中，补充侦查是为了进一步查明案件事实、完善证据体系。当补充侦查后仍证据不足时，根据不同的阶段有不同的处理方式。
若案件处于侦查阶段，也就是还在公安机关的办理流程中，依据《中华人民共和国刑事诉讼法》的规定，公安机关对经过侦查，发现没有犯罪事实，或者有本法第十六条规定的情形之一的，应当撤销案件。当补充侦查后证据依旧不足，无法证明犯罪嫌疑人实施了犯罪行为，就符合撤销案件的条件。撤销案件意味着解除对犯罪嫌疑人的强制措施，如取保候审、监视居住等，并且及时返还其被扣押的财物等。
当案件已经移送至检察机关审查起诉，检察机关会对补充侦查的结果进行全面审查。如果认为仍然达不到起诉的标准，即现有证据无法形成完整的证据链，不能排除合理怀疑地证明犯罪嫌疑人有罪，那么检察机关可以作出不起诉决定。不起诉分为法定不起诉、酌定不起诉和证据不足不起诉。这种情况下属于证据不足不起诉。对于被不起诉人，如果在押，应当立即释放。而且，被不起诉人如果在之前遭受了错误的羁押等情况，还可以依法申请国家赔偿。
补充侦查后证据不足的处理体现了我国刑事诉讼中“疑罪从无”的原则，这一原则保障了公民的合法权益，避免无罪的人受到错误的刑事追究，维护了司法的公正和权威。
法律依据：
《中华人民共和国刑事诉讼法》 第一百七十五条
人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
