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投标保证金没收后，应依据法律法规、招标文件规定进行处理。可以用于弥补招标活动损失、作为招标项目收益或按规定上缴财政等，同时要做好相关记录和公示。
遵循法律法规与招标文件规定。在处理没收的投标保证金时，首先要严格按照《中华人民共和国招标投标法》《中华人民共和国招标投标法实施条例》等相关法律法规的要求执行。同时，招标文件中通常会对投标保证金没收后的处理方式作出明确规定，这是处理保证金的重要依据。如果投标人存在违规行为导致投标保证金被没收，如在投标有效期内撤销投标、中标后无正当理由不与招标人订立合同等，招标人应按照规定进行处理。
弥补招标活动损失。如果因投标人的违规行为给招标人造成了损失，没收的投标保证金可以用于弥补这些损失。例如，重新组织招标所产生的费用，包括重新发布招标公告、重新进行资格审查、重新组织开标评标等环节的费用；因投标人违约导致项目进度延迟而给招标人带来的经济损失等。在使用保证金弥补损失时，招标人需要有充分的证据证明损失的存在和金额的合理性。
作为招标项目收益。在弥补损失后，如果投标保证金还有剩余，剩余部分可以作为招标项目的收益。这部分收益可以用于支持招标人后续的招标活动或相关业务的开展。不过，这种处理方式需要在法律法规和招标文件允许的范围内进行。
上缴财政。在某些情况下，根据当地的财政管理规定，没收的投标保证金可能需要上缴财政。例如，当招标项目属于政府投资项目时，为了保证财政资金的规范管理，没收的保证金可能会被纳入财政收入体系。
做好记录和公示。无论采取哪种处理方式，招标人都要做好详细的记录，包括没收保证金的原因、金额、处理方式等信息。同时，为了保证招投标活动的公开、公平、公正，招标人还应将投标保证金没收及处理情况进行公示，接受社会监督。这样可以增强招投标活动的透明度，避免不必要的纠纷和质疑。
法律依据：
《中华人民共和国招标投标法实施条例》 第二十六条
招标人在招标文件中要求投标人提交投标保证金的，投标保证金不得超过招标项目估算价的2%。投标保证金有效期应当与投标有效期一致。依法必须进行招标的项目的境内投标单位，以现金或者支票形式提交的投标保证金应当从其基本账户转出。招标人不得挪用投标保证金。
