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合同有瑕疵时，可通过多种方式使其有效，如协议补充、根据合同有关条款或交易习惯确定、符合法定有效条件等。若瑕疵不影响合同主要内容和目的，一般不影响合同效力；若影响到关键条款，需采取相应补救措施。
要明确合同瑕疵的类型。合同瑕疵可能表现为条款表述不清晰、存在歧义、关键内容缺失等。对于一些非关键的瑕疵，比如合同中个别文字的笔误，如果不影响合同整体的理解和履行，通常不影响合同的效力。合同依然可以按照双方的真实意思和交易的实际情况来执行。
当合同存在影响主要权利义务的瑕疵时，根据《中华人民共和国民法典》的规定，当事人可以协议补充。这意味着双方可以就合同中存在瑕疵的部分进行协商，达成一致后签订补充协议，对原合同进行完善。例如，合同中对于货物的交付地点约定不明确，双方可以通过协商确定具体的交付地点，并签订补充协议加以明确。
如果双方无法达成补充协议，那么可以按照合同的有关条款或者交易习惯来确定。比如在长期的商业合作中，双方对于类似交易已经形成了固定的交易习惯，即使合同中某一事项没有明确约定，也可以参照以往的交易习惯来处理。
合同要有效，还需符合法定的有效条件。即行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。即使合同存在瑕疵，但只要满足这些基本条件，合同依然具有法律效力。
如果合同的瑕疵涉及到违反法律、行政法规的强制性规定，那么可能会导致合同部分或全部无效。此时，需要根据具体情况进行处理，比如通过修改合同内容使其符合法律规定，或者重新签订合同。在处理合同瑕疵时，当事人应当及时沟通，采取合理的措施，以保障合同的顺利履行和自身的合法权益。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第五百四十三条
当事人协商一致，可以变更合同。
第五百四十四条
当事人对合同变更的内容约定不明确的，推定为未变更。
第五百零二条
依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。
依照法律、行政法规的规定，合同应当办理批准等手续的，依照其规定。未办理批准等手续影响合同生效的，不影响合同中履行报批等义务条款以及相关条款的效力。应当办理申请批准等手续的当事人未履行义务的，对方可以请求其承担违反该义务的责任。
依照法律、行政法规的规定，合同的变更、转让、解除等情形应当办理批准等手续的，适用前款规定。
