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分居两年离婚时，财产分配先由双方协议处理；协议不成的，由人民法院根据财产的具体情况，按照照顾子女、女方和无过错方权益的原则判决。属于个人财产的部分，仍归个人所有，不参与分割。
需要明确财产的性质，即区分夫妻共同财产和个人财产。根据法律规定，夫妻在婚姻关系存续期间所得的财产，一般属于夫妻共同财产，如工资、奖金、生产经营收益、知识产权收益等。而一方的婚前财产、一方因受到人身损害获得的赔偿或者补偿、遗嘱或者赠与合同中确定只归一方的财产等，属于夫妻一方的个人财产。
对于夫妻共同财产的分配，遵循协商优先的原则。分居两年并不影响夫妻共同财产的认定和分配方式，双方可以就财产分割问题进行充分协商，达成一致意见。这种协商结果只要不违反法律规定，是具有法律效力的。
如果双方无法达成协议，则由人民法院进行判决。法院在判决时，会依据照顾子女、女方和无过错方权益的原则。例如，如果一方在婚姻中有过错行为，如重婚、与他人同居、实施家庭暴力等，法院在财产分配时可能会适当照顾无过错方，给予无过错方更多的财产份额。
在司法实践中，法院还会考虑财产的来源、数量、使用情况等因素。如果财产是一方在分居期间通过个人努力获得的，且另一方没有提供相应的帮助或支持，法院在分配时也会予以适当考虑。
对于夫妻共同债务，也需要在离婚时一并处理。夫妻共同债务应当共同偿还，共同财产不足清偿或者财产归各自所有的，由双方协议清偿；协议不成的，由人民法院判决。
分居两年离婚时财产分配需要综合考虑多方面因素，以公平合理的方式进行处理，保障双方的合法权益。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第一千零八十七条
离婚时，夫妻的共同财产由双方协议处理；协议不成的，由人民法院根据财产的具体情况，按照照顾子女、女方和无过错方权益的原则判决。
对夫或者妻在家庭土地承包经营中享有的权益等，应当依法予以保护。
