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感情不和分居两年起诉离婚不一定有赔偿金。赔偿金即离婚损害赔偿，需满足法定情形，仅分居两年不符合赔偿条件通常无赔偿金，但若存在法定过错情形则可能获得。
在我国法律体系中，离婚损害赔偿是有明确规定的。根据《中华人民共和国民法典》第一千零九十一条，有下列情形之一，导致离婚的，无过错方有权请求损害赔偿：（一）重婚；（二）与他人同居；（三）实施家庭暴力；（四）虐待、遗弃家庭成员；（五）有其他重大过错。
感情不和分居两年只是法院判断夫妻感情是否破裂的一个参考因素，并非可以主张赔偿金的法定情形。也就是说，仅仅是因为感情不和分居满两年而起诉离婚，法院一般不会支持无过错方要求赔偿金的诉求。
例如，夫妻双方因感情不和分居两年后，一方起诉离婚，双方都不存在上述法律规定的过错行为，那么在这种情况下，不存在需要给予对方赔偿金的情况。
如果在分居期间，存在一方重婚、与他人同居、实施家庭暴力、虐待或遗弃家庭成员等过错行为，另一方作为无过错方，在起诉离婚时就可以依据法律规定，向过错方主张损害赔偿。
损害赔偿包括物质损害赔偿和精神损害赔偿。物质损害赔偿主要是对无过错方因对方过错行为而遭受的物质损失进行赔偿，比如因家庭暴力导致的医疗费用等。精神损害赔偿则是对无过错方因对方过错行为所遭受的精神痛苦进行的赔偿。在实际案件中，赔偿金的具体数额会根据过错方的过错程度、具体行为方式、造成的后果、双方的经济状况等多种因素来综合确定。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第一千零九十一条
有下列情形之一，导致离婚的，无过错方有权请求损害赔偿：
（一）重婚；
（二）与他人同居；
（三）实施家庭暴力；
（四）虐待、遗弃家庭成员；
（五）有其他重大过错。
