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二级子公司和三级子公司的主要区别体现在层级关系、股权控制、管理模式、业务范围和影响力等方面。二级子公司是一级母公司直接控股的子公司，而三级子公司是二级子公司的子公司，两者在公司体系中的位置和作用有所不同。
层级关系是两者最直观的区别。二级子公司是由母公司直接投资设立并控制的子公司，它与母公司存在直接的产权纽带关系。例如，大型集团公司A直接出资成立了子公司B，那么B就是A的二级子公司。而三级子公司是由二级子公司再投资设立的子公司。继续上述例子，子公司B出资成立了子公司C，C就是三级子公司。
股权控制方面也存在差异。母公司对二级子公司通常有直接的股权控制，能够在重大决策、人事任免等方面施加较大影响。在一些情况下，母公司可能持有二级子公司超过50%的股权，实现绝对控股。而对于三级子公司，母公司的控制是通过二级子公司间接实现的，控制力度相对较弱。二级子公司对三级子公司的股权控制情况则类似于母公司对二级子公司，可能是绝对控股或相对控股。
管理模式上，二级子公司通常会受到母公司较为严格的管理和监督，需要遵循母公司的整体战略和管理制度。母公司会在财务、人事、业务等方面对二级子公司进行一定程度的管控。而三级子公司主要受二级子公司的管理，虽然也需要符合集团整体的战略方向，但在具体运营上可能有更多的自主性，二级子公司会根据自身情况给予三级子公司一定的决策空间。
业务范围上，二级子公司的业务可能与母公司的核心业务有较为紧密的关联，是母公司业务的延伸或拓展。而三级子公司的业务可能会在二级子公司业务的基础上进一步细分或多元化，以适应不同的市场需求和竞争环境。
影响力方面，二级子公司由于与母公司直接关联，在集团内部和市场上通常具有较高的知名度和影响力。而三级子公司相对来说知名度和影响力较小，但其业务发展也会对整个集团的业绩产生一定的影响。
法律依据：
《中华人民共和国公司法》 第十四条
公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。
公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。
《中华人民共和国公司法》 第三条
公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。
有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任；股份有限公司的股东以其认购的股份为限对公司承担责任。
