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印花税缴纳基数是否包含含税金额，需要区分不同情况。如果合同中分别列明了不含税金额和增值税金额，按照不含税金额作为计税依据；若合同中没有分开记载，则以合同所载的含税金额为计税依据。
根据《中华人民共和国印花税法》的相关规定，应税合同的计税依据，为合同所列的金额，不包括列明的增值税税款。这就明确了在合同清晰区分不含税金额与增值税金额的情况下，印花税缴纳基数是不含税金额。
例如，一份购销合同中明确约定货物不含税价款为 100 万元，增值税为 13 万元，那么该合同印花税的计税依据就是 100 万元。这种规定有助于准确计算印花税，避免重复征税，体现了税收的合理性和公平性。
然而，当合同中没有分别记载不含税金额和增值税金额时，应以合同所载的含税金额作为印花税的计税依据。比如，一份租赁合同只写了每月租金 5000 元，未明确该金额是否含税，此时就按照 5000 元来计算印花税。
在实际操作中，企业和纳税人应当重视合同的签订规范。为了准确计算和缴纳印花税，降低税务风险，在签订合同时应尽量分别列明不含税金额和增值税金额。同时，不同类型的应税凭证在确定计税依据时可能会存在一些特殊规定。对于产权转移书据等，同样遵循上述原则，即有明确增值税分离的按不含税金额计税，未分离的按含税金额计税。
纳税人在处理印花税相关事务时，要仔细审查合同条款，准确把握计税依据，确保印花税的正确计算和及时缴纳，避免因计税依据确定错误而引发税务风险。
法律依据：
《中华人民共和国印花税法》 第一条
在中华人民共和国境内书立应税凭证、进行证券交易的单位和个人，为印花税的纳税人，应当依照本法规定缴纳印花税。
在中华人民共和国境外书立在境内使用的应税凭证的单位和个人，应当依照本法规定缴纳印花税。
第四条
印花税的税目、税率，依照本法所附《印花税税目税率表》执行。
