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分居两年离婚时，房产的处理需根据房产是婚前财产还是婚后财产、双方对房产的贡献以及双方协商结果等因素来确定，一般可通过协商处理，若协商不成则由法院判决。
婚前房产情况：如果房产是一方在婚前购买且付清全部房款，该房产属于婚前个人财产，离婚时另一方无权要求分割。例如，一方在结婚前以个人积蓄全款购买了一套房产并取得了房产证，即便婚后双方分居两年离婚，这套房子依然归购买方所有。若一方婚前支付了首付，婚后用夫妻共同财产还贷，这种情况下，离婚时该不动产由双方协议处理。不能达成协议的，人民法院可以判决该不动产归产权登记一方，尚未归还的贷款为产权登记一方的个人债务。双方婚后共同还贷支付的款项及其相对应财产增值部分，由产权登记一方对另一方进行补偿。
婚后房产情况：婚后用夫妻共同财产购买的房产，无论登记在一方名下还是双方名下，都属于夫妻共同财产。离婚时，一般由双方协商处理，协商时可以考虑双方对房产的实际需求、经济状况等因素。比如，一方需要抚养子女且没有其他居住场所，可能在房产分配上会适当予以照顾。若双方协商不成，由人民法院根据财产的具体情况，按照照顾子女、女方和无过错方权益的原则判决。
特殊情况：如果房产是由一方父母出资购买，产权登记在出资人子女名下的，可按照相关法律规定，视为只对自己子女一方的赠与，该不动产应认定为夫妻一方的个人财产。若由双方父母出资购买的不动产，产权登记在一方子女名下的，该不动产可认定为双方按照各自父母的出资份额按份共有，但当事人另有约定的除外。
总之，分居两年离婚时房产的处理较为复杂，要综合多方面因素妥善解决。双方能友好协商达成一致是最好的方式，若协商无果，可通过法律途径，由法院依据具体情况作出公正判决。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第一千零八十七条
离婚时，夫妻的共同财产由双方协议处理；协议不成的，由人民法院根据财产的具体情况，按照照顾子女、女方和无过错方权益的原则判决。
对夫或者妻在家庭土地承包经营中享有的权益等，应当依法予以保护。
