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更改抚养权协议书一般一式三份就有效，父母双方各持一份，孩子户口可能需要存档一份，不过具体份数可根据实际需求确定。
在法律层面，更改抚养权协议书的有效性并非取决于份数，而是基于协议本身是否符合法律规定的生效要件。只要协议是双方真实意思的表达，不存在欺诈、胁迫等情形，内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且双方具有相应的民事行为能力，那么无论协议有几份，它都是有效的。
然而，在实际操作中，考虑到不同的用途，通常会准备一式三份。父母双方各保存一份协议书，这是为了保障各自的权益，当出现任何与抚养权相关的问题或纠纷时，双方都能拿出协议作为依据。另外一份则可能用于办理孩子户口迁移等相关手续。因为在一些情况下，户籍管理部门可能需要留存一份抚养权变更协议的原件或复印件作为存档资料，以证明孩子抚养权的变更情况，从而顺利办理户口迁移等事宜。
但如果涉及到其他相关部门或机构，比如孩子就读的学校，可能也需要了解抚养权变更的情况，此时就可能需要额外多准备几份协议书。又或者在某些特殊情况下，双方可能希望有第三方见证或保管协议，如请律师事务所或公证处留存一份，那么协议书的份数就会相应增加。所以，虽然一般一式三份较为常见，但具体的份数可以根据实际需求灵活确定，以确保变更抚养权的相关事宜能够顺利进行。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第一百四十三条
具备下列条件的民事法律行为有效：
（一）行为人具有相应的民事行为能力；
（二）意思表示真实；
（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
《中华人民共和国民法典》 第五百零二条
依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。
依照法律、行政法规的规定，合同应当办理批准等手续的，依照其规定。未办理批准等手续影响合同生效的，不影响合同中履行报批等义务条款以及相关条款的效力。应当办理申请批准等手续的当事人未履行义务的，对方可以请求其承担违反该义务的责任。
依照法律、行政法规的规定，合同的变更、转让、解除等情形应当办理批准等手续的，适用前款规定。
