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年休假工资计算基数一般是应发工资，但存在特殊情况。
应发工资是指劳动者在提供了正常劳动情况下，用人单位应当支付给劳动者的工资报酬，包括了基本工资、奖金、津贴、补贴等，是在扣除各种税费和其他扣款之前的工资总额。实发工资则是劳动者实际拿到手的工资，是应发工资扣除了个人所得税、社会保险费个人缴纳部分、住房公积金个人缴纳部分等项目后的金额。
在计算年休假工资时，依据相关法律法规，通常以应发工资作为计算基数。这是因为年休假是劳动者的法定权利，年休假工资是对劳动者未休年休假的一种补偿，应当以劳动者正常出勤情况下能够获得的全部劳动报酬为基础来计算。例如，某员工的基本工资为5000元，每月还有固定的绩效奖金1000元，在计算年休假工资时，就应该将这两部分都纳入计算基数，按照6000元来计算。
不过，也存在一些特殊情况。如果用人单位与劳动者在劳动合同中对年休假工资计算基数有明确约定，且该约定不低于当地最低工资标准，那么可以按照约定来确定计算基数。另外，在一些地区，对于加班工资、非常规性奖金等是否计入年休假工资计算基数有不同的规定。比如有的地区规定，加班工资一般不计入年休假工资计算基数，因为加班工资是劳动者额外工作获得的报酬；而一些非常规性的奖金，如季度奖、年终奖等，如果在计算周期内发放不稳定，可能也不会全部计入年休假工资计算基数。
总之，年休假工资计算基数原则上是应发工资，但要综合考虑劳动合同约定以及当地的具体规定等因素。
法律依据：
《职工带薪年休假条例》 第五条
单位根据生产、工作的具体情况，并考虑职工本人意愿，统筹安排职工年休假。
年休假在1个年度内可以集中安排，也可以分段安排，一般不跨年度安排。单位因生产、工作特点确有必要跨年度安排职工年休假的，可以跨1个年度安排。
单位确因工作需要不能安排职工休年休假的，经职工本人同意，可以不安排职工休年休假。对职工应休未休的年休假天数，单位应当按照该职工日工资收入的300%支付年休假工资报酬。
