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分居起诉离婚流程包括准备诉讼材料、向有管辖权的法院立案、法院受理后安排调解、调解不成开庭审理、作出判决等；费用方面，案件受理费一般由原告预交，最终由败诉方承担，若双方都有责任则由双方分担，涉及财产分割的按规定标准收取。
首先来看分居起诉离婚的流程。第一步是准备诉讼材料，这其中包括民事起诉状，起诉状要明确原告和被告的基本信息、诉讼请求（如请求判决离婚、分割财产、确定子女抚养权等）以及事实与理由（详细说明分居情况等）。还需要准备原告身份证、结婚证、子女出生证明、财产相关证据等。第二步，向有管辖权的法院立案。通常是向被告住所地的基层人民法院提起诉讼，如果被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民法院管辖。将准备好的诉讼材料提交给法院立案庭，法院会对材料进行审查，符合立案条件的，会予以受理，并开具缴费通知书。第三步，缴纳诉讼费用。原告需要按照法院的要求，在规定的时间内缴纳案件受理费。第四步，法院受理案件后，一般会先安排调解。调解是离婚诉讼的必经程序，法院会组织双方进行调解，看是否能够达成离婚协议或者和好。如果调解成功，双方达成一致意见，法院会制作调解书，调解书与判决书具有同等法律效力。第五步，如果调解不成，法院会安排开庭审理。在庭审过程中，双方需要就各自的主张进行举证、质证，法院会根据双方提供的证据和陈述，查明案件事实。最后，法院会根据审理情况作出判决。如果法院认定夫妻感情确已破裂，会判决准予离婚；如果认为夫妻感情尚未破裂，可能会判决不准离婚。
关于费用由谁出的问题。案件受理费一般是由原告在立案时预交。最终的承担方式，如果是判决离婚，一般由败诉方承担费用；如果是双方都有责任，法院会根据实际情况决定双方分担的比例。对于涉及财产分割的离婚案件，财产总额不超过20万元的，不另行交纳案件受理费；超过20万元的部分，按照0.5％交纳。此外，如果在诉讼过程中还涉及到鉴定费、评估费等其他费用，通常也是由申请鉴定或评估的一方先垫付，最终根据法院的判决确定由谁承担。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第一千零七十九条
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
