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租赁合同期限超过20年的部分无效，关于违约金的处理需依据合同约定及具体情况确定。若超20年部分无效未给一方造成损失，通常不存在违约金问题；若因该部分无效给一方带来损失，违约方可能需承担赔偿责任，赔偿范围按实际损失确定，不一定完全遵循合同中约定的违约金条款。
根据《中华人民共和国民法典》第七百零五条规定，租赁期限不得超过二十年。超过二十年的，超过部分无效。这意味着当租赁合同约定的期限超过20年时，超过的那部分不具有法律效力，双方的租赁关系在20年期满后，对于超出部分不受法律强制力保护。
在违约金处理方面，首先要看合同中是否有关于因合同部分无效导致违约的相关约定。如果合同明确约定了在这种情况下的违约金计算方式和金额，那么在一定程度上可以作为参考。但由于超过20年部分本身无效，法院在审理时可能不会完全按照该约定来判定违约金。
若因合同超过20年部分无效给一方造成了实际损失，比如一方为长期租赁进行了大量前期投入，而因超期部分无效导致投入无法收回等情况，受损方可以要求违约方进行赔偿。赔偿的范围一般以实际损失为限，需要受损方提供相应的证据来证明损失的存在和具体金额。
如果双方对于违约金的处理无法达成一致，可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。在协商过程中，双方可以根据公平原则和实际情况重新确定赔偿方案。若选择仲裁或诉讼，仲裁机构或法院会综合考虑合同的履行情况、双方的过错程度以及实际损失等因素，对违约金或赔偿责任作出合理的判定。
租赁合同期限超过20年时违约金的处理较为复杂，需要结合具体的合同约定和实际情况，依据法律规定来妥善解决。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第五百七十七条
当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
第五百八十四条
当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定，造成对方损失的，损失赔偿额应当相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益；但是，不得超过违约一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违约可能造成的损失。
