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医疗事故死亡处理流程主要包括报告、保存资料、尸检、协商或调解、诉讼等步骤。
报告环节。当发生医疗事故导致患者死亡后，医疗机构应立即向所在地卫生行政部门报告。这是法定的义务，卫生行政部门可以及时掌握情况，对事件进行初步的了解和介入。医疗机构内部一般也会启动相应的调查程序，组织相关人员对事件进行初步的分析。
保存资料。医疗机构要妥善保管各种相关的病历资料、药品、医疗器械等。病历资料是认定医疗事故的重要依据，包括门诊病历、住院志、体温单、医嘱单、化验单等。对疑似输液、输血、注射、药物等引起不良后果的，医患双方应当共同对现场实物进行封存和启封，封存的现场实物由医疗机构保管；需要检验的，应当由双方共同指定的、依法具有检验资格的检验机构进行检验。
尸检。患者死亡，医患双方当事人不能确定死因或者对死因有异议的，应当在患者死亡后48小时内进行尸检；具备尸体冻存条件的，可以延长至7日。尸检应当经死者近亲属同意并签字。尸检对于明确死亡原因、判断医疗机构是否存在过错等具有关键作用。
协商或调解。医患双方可以就赔偿等问题进行协商解决。如果双方能够达成一致意见，签订赔偿协议。若协商不成，双方可以向卫生行政部门提出调解申请，卫生行政部门会根据相关规定进行调解。
诉讼。如果协商和调解都无法解决纠纷，患者家属可以向人民法院提起民事诉讼。在诉讼过程中，需要进行医疗事故技术鉴定或者医疗过错司法鉴定，以确定医疗机构是否存在过错以及过错与患者死亡之间的因果关系等。法院会根据鉴定结果和相关法律规定作出判决。
法律依据：
《医疗事故处理条例》 第十三条
医务人员在医疗活动中发生或者发现医疗事故、可能引起医疗事故的医疗过失行为或者发生医疗事故争议的，应当立即向所在科室负责人报告，科室负责人应当及时向本医疗机构负责医疗服务质量监控的部门或者专（兼）职人员报告；负责医疗服务质量监控的部门或者专（兼）职人员接到报告后，应当立即进行调查、核实，将有关情况如实向本医疗机构的负责人报告，并向患者通报、解释。
