刑事自诉案件和刑事公诉案件在案件来源、起诉主体、举证责任、刑罚轻重等方面存在区别。
一、案件来源不同。刑事公诉案件是由国家公诉机关即人民检察院提起的。当犯罪行为发生后,公安机关或其他侦查机关会进行侦查,之后将案件移送检察院审查起诉,检察院认为犯罪事实清楚、证据确实充分的,就会向法院提起公诉。而刑事自诉案件则是由被害人或其法定代理人、近亲属直接向法院提起的。通常是被害人等有证据证明的轻微刑事案件,或者被害人有证据证明对被告人侵犯自己人身、财产权利的行为应当依法追究刑事责任,而公安机关或者人民检察院不予追究被告人刑事责任的案件。
二、起诉主体不同。刑事公诉案件的起诉主体是代表国家行使公诉权的人民检察院,体现的是国家对犯罪行为的追诉。检察院作为公诉机关,以国家的名义对犯罪嫌疑人提起诉讼,维护社会公共利益和法律秩序。刑事自诉案件的起诉主体是被害人或其法定代理人、近亲属,他们基于自身的权益受到侵害而向法院寻求司法救济,主要是为了维护自己的个人权益。
三、举证责任不同。在刑事公诉案件中,由人民检察院承担举证责任。检察院需要收集、提供证据证明被告人的犯罪事实,并且要达到证据确实、充分的标准。公安机关在侦查阶段收集的证据也会移交给检察院用于支持公诉。而在刑事自诉案件中,举证责任主要由自诉人承担。自诉人需要提供证据证明被告人实施了犯罪行为,否则可能面临败诉的风险。
四、刑罚轻重不同。一般来说,刑事公诉案件涉及的犯罪行为较为严重,社会危害性较大,因此可能判处的刑罚也相对较重,例如故意杀人、抢劫等严重犯罪多为公诉案件。而刑事自诉案件通常是一些情节相对较轻的犯罪,如侮辱、诽谤、侵占等,相应的刑罚也较轻。
五、审理程序不同。刑事公诉案件一般采用普通程序进行审理,程序较为严格和复杂。而刑事自诉案件可以适用简易程序,审理程序相对简便、灵活,并且在审理过程中,自诉人在宣告判决前,可以同被告人自行和解或者撤回自诉。

法律依据:
《中华人民共和国刑事诉讼法》 第二百一十条
自诉案件包括下列案件:
(一)告诉才处理的案件;
(二)被害人有证据证明的轻微刑事案件;
(三)被害人有证据证明对被告人侵犯自己人身、财产权利的行为应当依法追究刑事责任,而公安机关或者人民检察院不予追究被告人刑事责任的案件。