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刑事案件中犯罪嫌疑人逃跑并不影响司法机关的起诉流程。一般由公安机关进行侦查，侦查终结后将案件移送至检察院审查起诉。即便犯罪嫌疑人在逃，检察院依然可以在掌握充分证据的情况下向法院提起公诉。
在刑事案件里，当犯罪行为发生后，首先通常是由公安机关负责立案侦查。公安机关会通过各种侦查手段，如调查取证、询问证人、勘查现场等，来查明案件事实、收集相关证据。即使犯罪嫌疑人逃跑了，公安机关也不会停止侦查工作，会继续开展追捕行动，同时对已掌握的证据进行整理和完善。
当公安机关认为案件事实已经查清，证据确实、充分，犯罪性质和罪名认定正确，法律手续完备时，会将案件移送至同级人民检察院审查决定是否起诉。这一过程是按照法定程序进行的，不会因为犯罪嫌疑人的逃跑而中断。
检察院在收到公安机关移送的案件后，会对案件进行全面审查。审查的内容包括案件事实是否清楚、证据是否确实充分、犯罪嫌疑人的行为是否构成犯罪、是否应追究刑事责任等。如果检察院经过审查，认为犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，即便犯罪嫌疑人在逃，也会向有管辖权的人民法院提起公诉。
在法院审理阶段，若犯罪嫌疑人仍然在逃，法院可能会采取一些措施。例如，对于应当逮捕的犯罪嫌疑人在逃的，法院可以决定逮捕，并由公安机关发布通缉令，采取有效措施，追捕归案。在犯罪嫌疑人到案后，法院会按照正常的审判程序对案件进行审理和判决。
总之，犯罪嫌疑人逃跑不会阻碍司法机关对刑事案件的起诉和审判，司法机关会通过各种法定程序和措施来确保法律的公正实施，维护社会的公平正义和法律秩序。
法律依据：
《中华人民共和国刑事诉讼法》 第一百五十六条
对犯罪嫌疑人逮捕后的侦查羁押期限不得超过二个月。案情复杂、期限届满不能终结的案件，可以经上一级人民检察院批准延长一个月。
《中华人民共和国刑事诉讼法》 第一百七十二条
人民检察院对于监察机关、公安机关移送起诉的案件，应当在一个月以内作出决定，重大、复杂的案件，可以延长十五日；犯罪嫌疑人认罪认罚，符合速裁程序适用条件的，应当在十日以内作出决定，对可能判处的有期徒刑超过一年的，可以延长至十五日。
人民检察院审查起诉的案件，改变管辖的，从改变后的人民检察院收到案件之日起计算审查起诉期限。
