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员工长期病假工资发放需依据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》及地方实施细则，医疗期内按不低于当地最低工资标准的80%支付病假工资；医疗期满后，若无法从事原工作且不能胜任新岗位，用人单位可依法解除劳动合同并支付经济补偿。
一、工资发放标准
根据《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第59条，职工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期内由企业按有关规定支付其病假工资或疾病救济费，病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。具体支付比例需结合地方规定，例如：
1. 上海：医疗期内病假工资按本人工资的60%-100%支付，连续工龄满8年及以上的按100%支付，不满2年的按60%支付，满2年不满4年的按70%支付，满4年不满6年的按80%支付，满6年不满8年的按90%支付。
2. 北京：企业应当根据劳动合同或集体合同的约定，支付病假工资。未约定的，按本人工资的70%支付，但不得低于本市最低工资标准的80%。
二、长期病假处理流程
1. 医疗期确定：依据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，医疗期根据职工实际工作年限和本单位工作年限确定：
实际工作年限10年以下，本单位工作年限5年以下的为3个月；5年以上的为6个月。
实际工作年限10年以上，本单位工作年限5年以下的为6个月；5年以上10年以下的为9个月；10年以上15年以下的为12个月；15年以上20年以下的为18个月；20年以上的为24个月。
2. 医疗期计算：医疗期3个月的按6个月内累计病休时间计算；6个月的按12个月内累计病休时间计算；9个月的按15个月内累计病休时间计算；12个月的按18个月内累计病休时间计算；18个月的按24个月内累计病休时间计算；24个月的按30个月内累计病休时间计算。
3. 医疗期满处理：
若职工医疗期满后能从事原工作，用人单位应安排其恢复工作。
若不能从事原工作，也不能从事用人单位另行安排的工作，用人单位需提前30日以书面形式通知劳动者本人或额外支付1个月工资后，可解除劳动合同，并按《劳动合同法》第47条支付经济补偿（每满1年支付1个月工资，满6个月不满1年按1年算，不满6个月支付半个月工资）。
若职工经劳动能力鉴定委员会鉴定为完全丧失劳动能力，且符合退休、退职条件，可办理退休、退职手续，享受相应待遇。
三、注意事项
1. 用人单位不得在医疗期内解除劳动合同，否则需按《劳动合同法》第87条支付赔偿金（经济补偿标准的2倍）。
2. 职工需提供医疗机构出具的诊断证明、病历等材料，用人单位可要求复查，费用由用人单位承担。
3. 各地对医疗期工资支付有特殊规定的，需优先适用地方条例，如广东明确医疗期工资不得低于本人正常工作时间工资的60%，且不得低于最低工资标准的80%。
法律依据：
《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》 第五条
企业职工在医疗期内，其病假工资、疾病救济费和医疗待遇按照有关规定执行。
《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》 第五十九条
职工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期间内由企业按有关规定支付其病假工资或疾病救济费，病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80％。
