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法人犯罪后，公司的处理方式要依据犯罪类型、影响程度等因素来确定，一般包括承担民事赔偿责任、配合司法机关调查、进行内部整改、可能面临行政处罚以及调整公司管理层等。
若法人犯罪给他人造成损失，公司需承担民事赔偿责任。依据《中华人民共和国民法典》相关规定，法人以其全部财产独立承担民事责任。比如法人在代表公司经营过程中因欺诈行为给合作方造成经济损失，公司要以自身资产对受损方进行赔偿，这是公司对法人职务行为后果的一种责任承担。
公司有义务配合司法机关的调查工作。司法机关在侦查法人犯罪案件时，可能会要求公司提供相关的文件、账目、合同等资料，公司应积极配合，如实提供信息。若公司拒绝配合，可能会面临妨碍司法等法律后果。
进行内部整改也是重要的处理方式。公司需要对法人犯罪的原因进行深入分析，查找公司内部管理、监督等方面存在的漏洞，并采取相应的改进措施。例如完善公司的财务管理制度、加强对高层管理人员的监督机制等，以防止类似事件再次发生。
在某些情况下，公司可能会面临行政处罚。如果法人的犯罪行为违反了相关行政管理法规，行政机关有权对公司进行处罚，如罚款、吊销营业执照等。比如法人指使公司进行偷税漏税行为，税务机关可能会对公司处以罚款，并要求补缴税款和滞纳金。
公司还可能需要调整管理层。法人犯罪往往反映出公司管理层存在问题，为了恢复公司的正常运营和信誉，公司可能会更换法人及相关管理人员，重新组建管理团队，以提升公司的管理水平和规范运营程度。
法律依据：
《治安管理处罚法》 第四十二条
有下列行为之一的，处五日以下拘留或者五百元以下罚款；情节较重的，处五日以上十日以下拘留，可以并处五百元以下罚款：
（一）写恐吓信或者以其他方法威胁他人人身安全的；
（二）公然侮辱他人或者捏造事实诽谤他人的；
（三）捏造事实诬告陷害他人，企图使他人受到刑事追究或者受到治安管理处罚的；
（四）对证人及其近亲属进行威胁、侮辱、殴打或者打击报复的。
