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伤残二次鉴定被推翻，一般以最终有效的那次鉴定结果为准。通常是在程序合法、鉴定机构及人员具备资质等条件下作出的二次鉴定结果会被采用，但需综合具体情况判断。
在涉及伤残鉴定的案件中，鉴定结果对当事人的权益有着至关重要的影响。当出现伤残二次鉴定被推翻的情况时，确定以哪次鉴定结果为准需要遵循一定的规则和考量多方面因素。
从鉴定程序的合法性来看。合法合规的鉴定程序是保证鉴定结果有效性的基础。如果第一次鉴定在程序上存在瑕疵，比如鉴定机构或鉴定人员不具备相应资质、鉴定过程违反相关操作规范等，而二次鉴定严格遵循了法定程序，那么二次鉴定结果更有可能被采纳。例如，第一次鉴定时鉴定人员未按照规定的检验方法进行操作，导致结果不准确，这种情况下二次鉴定结果若程序合法，会更具可信度。
鉴定机构和鉴定人员的专业性也起着关键作用。具有更高专业水平和良好信誉的鉴定机构及鉴定人员所作出的鉴定结果往往更受认可。如果二次鉴定是由更权威、专业的机构或人员完成的，其结果被采纳的可能性较大。比如，第一次鉴定是由普通的鉴定机构进行，而二次鉴定是由国家级的专业鉴定中心作出，在其他条件相当的情况下，二次鉴定结果可能会被优先考虑。
还需结合案件的其他证据和实际情况进行综合判断。法院或相关处理机构会审查与伤残情况有关的所有证据，包括医疗记录、证人证言等，以确定哪次鉴定结果更符合实际情况。如果有其他证据能够佐证二次鉴定结果，那么二次鉴定结果成为最终依据的可能性就更大。
在实际操作中，如果当事人对鉴定结果有异议，可以通过合法途径申请重新鉴定，但必须有合理的理由和证据支持。同时，最终以哪次鉴定结果为准，应由法院、仲裁机构等具有裁决权的主体根据法律规定和具体案情进行判定。伤残二次鉴定被推翻后，要综合多方面因素来确定最终采用的鉴定结果，以确保结果的公平、公正和准确。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第二百零八条
不动产物权的设立、变更、转让和消灭，应当依照法律规定登记。动产物权的设立和转让，应当依照法律规定交付。
第二百零七条
国家、集体、私人的物权和其他权利人的物权受法律平等保护，任何组织或者个人不得侵犯。
第二百一十条
不动产登记，由不动产所在地的登记机构办理。
国家对不动产实行统一登记制度。统一登记的范围、登记机构和登记办法，由法律、行政法规规定。
第二百一十一条
当事人申请登记，应当根据不同登记事项提供权属证明和不动产界址、面积等必要材料。
