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公司章程和协议存在多方面区别，主要体现在定义、性质、效力范围、制定与修改程序、内容侧重等方面。
从定义来看，公司章程是公司必备的规定公司组织及活动基本规则的书面文件，是公司的宪章性文件，它向社会公开，阐明公司宗旨、营业范围、资本数额等基本事项。而协议通常是两个或两个以上当事人为设立、变更、终止民事权利义务关系而达成的一致意思表示，是当事人之间的约定。
性质方面，公司章程具有公开性和自治性，它不仅约束公司内部人员，还具有一定的对外公示作用，是公司运营的基本准则。协议则更具相对性，主要约束协议的签订方，是当事人之间的私人约定，一般不具有对外公开的效力。
效力范围上，公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有普遍的约束力，其效力贯穿于公司的整个存续期间。只要是公司的相关人员，都要受到公司章程的约束。而协议的效力仅及于签订协议的当事人，除非法律另有规定或者当事人另有约定，对第三人不产生约束力。
制定与修改程序不同。公司章程的制定和修改需要遵循严格的法律程序，通常需要经过股东会或股东大会的特别决议通过，并且要进行相应的登记备案。协议的制定和修改则相对灵活，只要当事人协商一致即可，一般不需要履行特定的法律程序。
内容侧重也有差异。公司章程主要规定公司的组织架构、股东权利义务、公司的运营管理等根本性、全局性的问题，是公司的基本框架和行为准则。协议的内容则更加多样化，可以根据当事人的具体需求和意愿进行约定，可能涉及各种具体的交易、合作等事项。
公司章程和协议在多个方面存在明显区别，了解这些区别有助于正确运用它们来规范公司和当事人的行为。
法律依据：
《中华人民共和国公司法》 第十一条
设立公司必须依法制定公司章程。公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。
《中华人民共和国公司法》 第二十五条
有限责任公司章程应当载明下列事项：
（一）公司名称和住所；
（二）公司经营范围；
（三）公司注册资本；
（四）股东的姓名或者名称；
（五）股东的出资方式、出资额和出资时间；
（六）公司的机构及其产生办法、职权、议事规则；
（七）公司法定代表人；
（八）股东会会议认为需要规定的其他事项。
股东应当在公司章程上签名、盖章。
