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小产权房和大产权房在产权性质、合法性、交易、土地性质、建设标准等方面存在明显区别。大产权房拥有完整产权，受法律保护可自由交易；小产权房产权不完整，合法性存疑，交易受限。
产权性质方面，大产权房是由国家颁发产权证的，购房者拥有对房屋的完全产权，包括房屋所有权和土地使用权。而小产权房没有国家颁发的土地使用证和预售许可证，所谓的产权证也不是真正合法有效的产权证，其产权通常是由乡镇政府或村集体颁发，产权并不完整。
合法性上，大产权房是经过相关部门审批，按照法定程序开发建设的，其建设和交易都受到法律的保护。小产权房的建设往往未经过严格的审批程序，可能存在违反土地利用规划等问题，合法性存在较大争议。
交易情况不同，大产权房可以在市场上自由交易，购房者可以通过合法的买卖、抵押等方式处置房屋。小产权房由于其产权的不完整性和合法性问题，交易受到很大限制，一般不能在正规的房地产交易市场进行交易，并且在转让时可能会面临诸多风险，比如可能无法办理过户手续。
土地性质有别，大产权房的土地性质一般为国有土地，开发商通过出让等合法方式取得土地使用权后进行开发建设。小产权房的土地通常是集体土地，如农村宅基地、集体建设用地等，这类土地的使用受到农村集体组织的限制，不能随意用于房地产开发。
建设标准方面，大产权房在建设过程中需要遵循严格的规划、设计、施工等标准和规范，以确保房屋的质量和安全性。小产权房的建设可能缺乏有效的监管，建设标准参差不齐，房屋质量和配套设施可能无法得到保障。小产权房和大产权房在多个方面存在显著差异，购房者在选择时需要充分了解这些区别，谨慎做出决策。
法律依据：
《中华人民共和国城市房地产管理法》 第六十一条
以出让或者划拨方式取得土地使用权，应当向县级以上地方人民政府土地管理部门申请登记，经县级以上地方人民政府土地管理部门核实，由同级人民政府颁发土地使用权证书。在依法取得的房地产开发用地上建成房屋的，应当凭土地使用权证书向县级以上地方人民政府房产管理部门申请登记，由县级以上地方人民政府房产管理部门核实并颁发房屋所有权证书。房地产转让或者变更时，应当向县级以上地方人民政府房产管理部门申请房产变更登记，并凭变更后的房屋所有权证书向同级人民政府土地管理部门申请土地使用权变更登记，经同级人民政府土地管理部门核实，由同级人民政府更换或者更改土地使用权证书。法律另有规定的，依照有关法律的规定办理。
