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工程欠款过了诉讼时效，并不意味着债权丧失，只是会使债权人丧失胜诉权，债务人获得诉讼时效抗辩权。但仍可通过一些方式处理，比如与债务人协商让其自愿履行、达成还款协议，也可收集诉讼时效中断的证据等。
当工程欠款过了诉讼时效，首先要明确诉讼时效制度的意义。诉讼时效是指权利人在法定期间内不行使权利，就丧失了请求人民法院保护民事权益的权利。一旦工程欠款超过了法律规定的诉讼时效期间，债权人向法院起诉要求债务人偿还欠款时，如果债务人以诉讼时效已过进行抗辩，那么债权人将面临败诉的风险，即丧失了通过司法强制力实现债权的胜诉权。
不过，即便过了诉讼时效，债权本身依然存在，并非消失。以下是一些可以采取的处理方式。其一，与债务人进行协商。虽然债务人依法享有诉讼时效抗辩权，但如果其自愿履行债务，法律是允许的。债权人可以尝试与债务人沟通，晓之以理、动之以情，争取让债务人自觉偿还欠款。债务人在偿还后，不能以诉讼时效已过为由要求债权人返还。
其二，达成新的还款协议。如果债务人愿意与债权人达成新的还款协议，那么该协议将形成新的债权债务关系，诉讼时效将重新计算。这样债权人就又获得了通过法律途径追讨欠款的机会。
其三，收集诉讼时效中断的证据。诉讼时效在一定情况下会发生中断，中断后诉讼时效期间重新计算。例如，债权人曾经向债务人主张过权利，有书面催款函、短信、微信聊天记录、通话录音等能够证明在诉讼时效期间内主张过债权的证据，就可能导致诉讼时效中断。一旦有充分证据证明诉讼时效中断，债权人仍有胜诉的可能。
工程欠款过了诉讼时效后，债权人并非完全没有办法，应积极采取措施，通过合理合法的途径尽可能维护自己的权益。
法律依据：
《民法典》 第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
第一百九十二条
诉讼时效期间届满的，义务人可以提出不履行义务的抗辩。诉讼时效期间届满后，义务人同意履行的，不得以诉讼时效期间届满为由抗辩；义务人已经自愿履行的，不得请求返还。
