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注册个体工商户和公司在法律地位、责任承担、税收、设立条件、经营模式等方面存在明显区别。
法律地位方面，个体工商户不具有独立法人资格，它是自然人从事工商业经营的一种形式，本质上还是自然人的属性。而公司具有独立法人资格，是独立的民事主体，能够以自己的名义独立享有民事权利和承担民事义务。
责任承担上，个体工商户的经营者对其债务承担无限责任。也就是说，如果个体工商户经营不善产生债务，经营者要用个人的全部财产来偿还。公司则不同，有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任，股份有限公司的股东以其认购的股份为限对公司承担责任，公司以其全部财产对公司的债务承担责任。
税收政策有差异。个体工商户一般是税务机关根据其所在位置、规模、员工人数、销售商品等情况来估算销售额，然后给定税，缴纳个人所得税等。公司征税按实际收入征收，缴纳企业所得税、增值税等，征税方式有查账征收和核定征收等。
设立条件上，个体工商户设立相对简单，没有最低注册资本要求，登记注册手续也较为简便。公司设立需要有公司章程、注册资本、组织机构等，手续相对复杂，且不同类型的公司有不同的设立要求。
经营模式也有所不同。个体工商户经营相对灵活，决策通常由经营者一人做出，经营规模一般较小。公司可以设立分公司、子公司等，更适合规模化、多元化经营，在市场拓展、融资等方面有更大的优势。
在选择注册个体工商户还是公司时，需要综合考虑自身的经营规划、风险承受能力、税收负担等多方面因素，做出最适合自己的选择。
法律依据：
《中华人民共和国市场主体登记管理条例》 第二十一条
申请人申请市场主体设立登记，登记机关依法予以登记的，签发营业执照。营业执照签发日期为市场主体的成立日期。
法律、行政法规或者国务院决定规定设立市场主体须经批准的，应当在批准文件有效期内向登记机关申请登记。
第二十七条
市场主体变更住所或者主要经营场所跨登记机关辖区的，应当在迁入新的住所或者主要经营场所前，向迁入地登记机关申请变更登记。迁出地登记机关无正当理由不得拒绝移交市场主体档案等相关材料。
