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借款人失踪并不影响诉讼时效的计算，但在一定条件下可导致诉讼时效中断或中止，从而改变诉讼时效的进程。
需要明确诉讼时效的一般规定。根据《民法典》规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。在借款人失踪的情况下，诉讼时效通常仍按照正常的计算方式进行。
存在一些情况会导致诉讼时效的变更。其中，诉讼时效中断是一个重要的情形。如果债权人在诉讼时效期间内通过合法的方式向失踪的借款人主张权利，比如向法院提起诉讼、申请仲裁，或者通过书面、口头等方式向借款人的财产代管人主张债权等，那么诉讼时效就会中断。从中断时起，诉讼时效期间重新计算。这意味着债权人有了新的三年诉讼时效期间来维护自己的权益。
诉讼时效中止也是需要关注的。在诉讼时效期间的最后六个月内，如果因不可抗力（如自然灾害等导致无法主张权利）、无民事行为能力人或者限制民事行为能力人没有法定代理人等障碍，不能行使请求权的，诉讼时效中止。自中止时效的原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满。对于借款人失踪的情况，如果债权人因为借款人失踪无法主张权利，且满足诉讼时效中止的其他条件，那么就会出现诉讼时效中止的效果。
为了保障自己的合法权益，债权人在借款人失踪后，应及时采取措施。一方面，可以积极寻找借款人的下落，尝试与借款人或其财产代管人取得联系并主张债权；另一方面，若无法找到借款人，也可以在诉讼时效内及时向法院提起诉讼，通过法律程序来解决问题。这样即使借款人失踪，也能有效避免因诉讼时效问题而丧失胜诉权。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
