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员工持股后离开公司，处理方式通常有公司回购、转让给其他股东或第三方、继续持有等，具体需依据公司章程、股东协议以及相关法律法规来确定。
公司回购是较为常见的处理方式。很多公司在制定员工持股计划时，会在公司章程或相关协议中明确规定，当员工离职时，公司有权按照一定的价格回购其持有的股份。回购价格的确定方式多样，可能是按照当时的每股净资产、原始购买价格加上一定的利息，或者是根据公司的估值来计算。例如，某公司规定员工离职时，公司以员工购买股份时的价格加上每年一定比例的利息回购股份，这样既保障了员工一定的收益，也避免了公司股权的随意外流。
转让给其他股东或第三方也是可行的途径。如果公司章程没有限制，离职员工可以将其持有的股份转让给公司的其他股东。这种内部转让有助于维持公司股权结构的相对稳定，减少外部因素对公司的影响。在符合法律法规和公司章程规定的情况下，离职员工还可以将股份转让给公司股东以外的第三方。不过，通常需要经过其他股东的同意，并且其他股东在同等条件下享有优先购买权。
继续持有股份在某些情况下也是可能的。如果公司章程没有对员工离职后持股做出限制，或者公司与员工之间没有特别约定，离职员工可以选择继续持有股份，仍然享有股东的权利和义务，如参与公司分红、行使表决权等。但这种情况相对较少，因为公司一般希望员工持股能够与员工的在职状态相关联，以激励员工为公司长期服务。
无论采取哪种处理方式，都应当遵循相关的法律法规和公司章程的规定，并且要履行必要的程序，如签订股权转让协议、办理工商变更登记等，以确保处理结果的合法性和有效性。
法律依据：
《中华人民共和国公司法》 第七十一条
有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。
股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让。
经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例；协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。
公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。
