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赔偿员工的款项计入的费用科目需根据赔偿的具体原因来确定，常见的计入“管理费用”“营业外支出”“应付职工薪酬”等科目。
1. 计入“管理费用”如果赔偿是由于企业管理不善等原因导致员工受到损失而给予的赔偿，通常计入“管理费用”。例如，企业办公设备维护不当，导致员工在工作中受伤，企业给予的赔偿款。管理费用是企业为组织和管理生产经营活动而发生的各项费用，这类赔偿与企业的管理活动相关，所以应计入管理费用。在账务处理上，借记“管理费用——赔偿支出”，贷记“库存现金”或“银行存款”。
2. 计入“营业外支出”当赔偿属于与企业日常生产经营活动没有直接关系的偶然事项时，应计入“营业外支出”。例如，企业附近发生意外事故，波及到员工，企业出于人道主义给予员工的赔偿。营业外支出是指企业发生的与其日常活动无直接关系的各项损失，这种赔偿不属于企业正常经营活动的范畴，因此计入营业外支出。账务处理为借记“营业外支出——赔偿支出”，贷记“库存现金”或“银行存款”。
3. 计入“应付职工薪酬”如果赔偿是基于劳动合同约定，如企业提前解除劳动合同给予员工的经济补偿，应计入“应付职工薪酬——辞退福利”。辞退福利是企业在职工劳动合同到期之前解除与职工的劳动关系，或者为鼓励职工自愿接受裁减而给予职工的补偿。在确认辞退福利时，借记“管理费用”（根据受益对象可能计入其他科目），贷记“应付职工薪酬——辞退福利”；实际支付时，借记“应付职工薪酬——辞退福利”，贷记“库存现金”或“银行存款”。
法律依据：
《中华人民共和国劳动合同法》 第四十七条
经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
《中华人民共和国劳动合同法》 第八十七条
用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同的，应当依照本法第四十七条规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
