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二次抵押房产证一般仍放在产权人手中。不过抵押权人通常会在房产登记部门办理抵押登记手续，在不动产登记簿上进行记载，以此保障其抵押权。
在房产二次抵押的情形下，虽然房屋进行了抵押，但房产证通常不会交由抵押权人保管，而是由产权人继续持有。这是因为在现代的不动产管理体系中，物权的设立、变更、转让和消灭以登记为准。对于房产抵押而言，关键在于在不动产登记机构进行抵押登记，而非扣押房产证。
当进行二次抵押时，抵押人和抵押权人会共同前往当地的不动产登记部门办理抵押登记手续。登记部门会在不动产登记簿上对该次抵押的相关信息进行详细记载，包括抵押权人、抵押金额、抵押期限等内容。这些登记信息具有公示和对抗第三人的效力，能够保障抵押权人的合法权益。
即便房产证在产权人手中，由于已经办理了抵押登记，未经抵押权人同意，产权人无法随意处分该房产，比如不能将其自由转让给他人。因为不动产登记系统中明确显示该房产存在抵押情况，在抵押未解除之前，无法顺利完成过户手续。
而如果产权人将房产证遗失或损坏，也可以按照相关规定到不动产登记部门申请补办。补办后的房产证同样不会影响之前已经办理的抵押登记的效力。所以，在二次抵押中，房产证的存放位置对抵押的法律效力没有实质性影响，重要的是在不动产登记部门完成合法有效的抵押登记。
法律依据：
《城市房地产抵押管理办法》 第三十条
房地产抵押合同自签订之日起30日内，抵押当事人应当到房地产所在地的房地产管理部门办理房地产抵押登记。
《城市房地产抵押管理办法》 第三十三条
登记机关应当对申请人的申请进行审核。凡权属清楚、证明材料齐全的，应当在受理登记之日起7日内决定是否予以登记，对不予登记的，应当书面通知申请人。
《城市房地产抵押管理办法》 第三十四条
以依法取得的房屋所有权证书的房地产抵押的，登记机关应当在原《房屋所有权证》上作他项权利记载后，由抵押人收执。并向抵押权人颁发《房屋他项权证》。以预售商品房或者在建工程抵押的，登记机关应当在抵押合同上作记载。抵押的房地产在抵押期间竣工的，当事人应当在抵押人领取房地产权属证书后，重新办理房地产抵押登记。
