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非法运输毒品罪和非法持有毒品罪的区别主要体现在犯罪行为、主观故意、法律评价等方面。
从犯罪行为上看，非法运输毒品罪强调的是运输这一行为，即采用携带、邮寄、利用他人或者使用交通工具等方法在我国领域内将毒品从此地转移到彼地。而非法持有毒品罪是指非法持有一定数量的毒品，没有进行运输、贩卖等其他行为。这里的持有不限于随身携带，也包括在其住所、车辆等地方实际控制毒品。
主观故意不同。非法运输毒品罪的行为人主观上通常具有将毒品从一地运往另一地的目的，一般和毒品的流通、交易等后续行为相关联。比如，行为人明知是毒品，为了获取报酬而将毒品从毒品产地运往销售地。而非法持有毒品罪的主观故意相对单纯，主要是对毒品的实际控制和支配，不要求有运输、贩卖等特定目的。可能是为了自己吸食等原因而持有毒品。
法律评价上有差异。非法运输毒品罪是一个严厉打击的犯罪行为，因为运输行为促进了毒品的流通和扩散，对社会的危害较大。无论运输毒品数量多少，都应当追究刑事责任，予以刑事处罚。而非法持有毒品罪有数量的要求，只有非法持有鸦片二百克以上、海洛因或者甲基苯丙胺十克以上或者其他毒品数量较大的，才构成犯罪。
此外，在量刑方面，非法运输毒品罪的量刑相对较重。根据毒品的种类和数量不同，可能会面临从有期徒刑到无期徒刑甚至死刑的刑罚。而非法持有毒品罪的量刑相对较轻，根据持有毒品的数量不同，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金；情节严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
法律依据：
《中华人民共和国刑法》 第三百四十七条
走私、贩卖、运输、制造毒品，无论数量多少，都应当追究刑事责任，予以刑事处罚。
走私、贩卖、运输、制造毒品，有下列情形之一的，处十五年有期徒刑、无期徒刑或者死刑，并处没收财产：
（一）走私、贩卖、运输、制造鸦片一千克以上、海洛因或者甲基苯丙胺五十克以上或者其他毒品数量大的；
（二）走私、贩卖、运输、制造毒品集团的首要分子；
（三）武装掩护走私、贩卖、运输、制造毒品的；
（四）以暴力抗拒检查、拘留、逮捕，情节严重的；
（五）参与有组织的国际贩毒活动的。
