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分公司独立核算所得税通常有两种申报方式。若分公司具有主体生产经营职能且符合相关条件，可作为独立纳税人就地缴纳企业所得税，按规定进行季度预缴和年度汇算清缴；若不符合独立纳税人条件，则需汇总到总公司，由总公司按照一定比例分配后，分公司根据分配表进行申报。
要判断分公司是否能作为独立纳税人。根据相关规定，分公司若同时满足以下条件，可独立缴纳企业所得税：具有主体生产经营职能；在当地设立了银行结算账户；独立建立账簿、编制财务会计报表；独立计算盈亏等。
当分公司作为独立纳税人时，其所得税申报流程如下：在季度预缴方面，分公司应在每个季度终了后的15日内，向当地税务机关报送预缴企业所得税纳税申报表，并预缴税款。预缴税款的计算一般是按照分公司当季度的实际利润额乘以适用税率。这里的实际利润额是指分公司会计制度核算的利润总额，减除以前年度待弥补亏损以及不征税收入、免税收入后的余额。
在年度汇算清缴时，分公司需在年度终了后的5个月内，向当地税务机关报送年度企业所得税纳税申报表，并汇算清缴，结清应缴应退税款。年度汇算清缴时，分公司要对全年的收入、成本、费用等进行全面核算，按照税法规定进行纳税调整，确定应纳税所得额，再根据适用税率计算应纳税额。
若分公司不符合独立纳税人条件，需汇总到总公司进行申报。总公司会按照一定比例将应纳税额分配给各分公司。分公司根据总公司出具的所得税分配表，在当地税务机关进行申报缴纳。总公司计算分配比例时，通常会考虑分公司的营业收入、职工薪酬和资产总额等因素。
总之，分公司独立核算所得税的申报方式与分公司的具体情况密切相关，企业应准确判断并按照规定进行申报，以避免税务风险。
法律依据：
《中华人民共和国税收征收管理法》 第二十五条
纳税人必须依照法律、行政法规规定或者税务机关依照法律、行政法规的规定确定的申报期限、申报内容如实办理纳税申报，报送纳税申报表、财务会计报表以及税务机关根据实际需要要求纳税人报送的其他纳税资料。
扣缴义务人必须依照法律、行政法规规定或者税务机关依照法律、行政法规的规定确定的申报期限、申报内容如实报送代扣代缴、代收代缴税款报告表以及税务机关根据实际需要要求扣缴义务人报送的其他有关资料。
