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股权转让协议印花税应按照“产权转移书据”税目缴纳，计税依据为股权转让协议所载金额，税率为万分之五。纳税主体为股权转让双方，一般通过自行计算应纳税额，购买并一次贴足印花税票的方式完税，也可采用按期汇总缴纳或委托代征等方式。
要明确印花税的相关规定。在我国，印花税是对经济活动和经济交往中设立、领受具有法律效力的凭证的行为所征收的一种税。对于股权转让协议，它属于印花税的应税凭证范畴，按照“产权转移书据”来缴纳印花税。
计税依据方面，是以股权转让协议中所记载的金额作为计算印花税的基础。比如，甲将其持有的某公司股权以 100 万元的价格转让给乙，那么这 100 万元就是计税依据。
税率为万分之五。依据上述例子，甲和乙双方都需要缴纳的印花税金额为 1000000×0.0005 = 500 元。
纳税主体是股权转让的双方。也就是说，无论是转让方还是受让方，都有缴纳印花税的义务。
关于交税方式，最常见的是自行贴花。纳税人需要自行计算应纳税额，然后到税务机关购买印花税票，并在应税凭证上一次贴足印花税票，同时进行注销或画销。
除了自行贴花，还有其他交税方式。如果同一种类应纳税凭证，需频繁贴花的，纳税人可以根据实际情况自行决定是否采用按期汇总缴纳印花税的方式。汇总缴纳的期限为一个月。采用按期汇总缴纳方式的纳税人应事先告知主管税务机关。缴纳方式一经选定，一年内不得改变。此外，税务机关也可能委托相关单位代征印花税，比如某些情况下会委托证券登记结算机构代征股权转让的印花税。
在实际操作中，纳税人要准确计算应纳税额，并按照规定的方式和期限完成印花税的缴纳，以避免税务风险。同时，不同地区可能在具体的征管规定和操作流程上存在一定差异，纳税人可以向当地税务机关进行详细咨询。
法律依据：
《中华人民共和国印花税法》 第一条
在中华人民共和国境内书立应税凭证、进行证券交易的单位和个人，为印花税的纳税人，应当依照本法规定缴纳印花税。
在中华人民共和国境外书立在境内使用的应税凭证的单位和个人，应当依照本法规定缴纳印花税。
《中华人民共和国印花税法》 第四条
印花税的税目、税率，依照本法所附《印花税税目税率表》执行。
