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自然人股权变更需依次完成签订股权转让协议、取得其他股东同意、支付转让款、办理公司章程与股东名册变更、进行工商变更登记及税务申报等流程，涉及《公司法》《民法典》及税收征管相关规定，需特别注意优先购买权、登记效力及税务合规问题。
自然人股权变更指个人股东将其持有的公司股权全部或部分转让给其他自然人、法人或组织的行为，流程需严格遵循法律规定，具体步骤如下：
1. 签订股权转让协议
转让方与受让方需签订书面股权转让协议，明确股权数量、转让价格、支付方式、交割期限、违约责任等核心条款。协议需符合《民法典》关于合同效力的规定，避免因条款模糊引发纠纷。实践中，建议对协议进行公证或由律师见证，以增强法律效力。
2. 取得其他股东同意及放弃优先购买权
根据《公司法》第七十一条，股东向股东以外的人转让股权时，应书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到通知之日起满三十日未答复的视为同意转让。若其他股东半数以上不同意转让，不同意的股东需购买该股权；不购买的视为同意转让。此外，其他股东享有优先购买权，若同等条件下其他股东主张购买，转让方需优先向其转让。
3. 支付股权转让款
受让方应按协议约定向转让方支付款项，支付方式包括银行转账、现金（需注意大额现金交易的合规性）或非货币资产抵偿等。支付凭证需妥善保管，作为股权交割的重要依据。部分交易中会约定分期付款，需明确每期支付条件及期限。
4. 召开股东会并修改公司章程
公司需召开股东会，就股权转让事宜形成决议，内容包括同意转让、修改公司章程中股东信息及出资比例等。决议需由代表三分之二以上表决权的股东通过（具体比例依公司章程规定）。修改后的公司章程需由全体股东签字确认，并作为后续工商变更的必备文件。
5. 办理股东名册及工商变更登记
公司应在股权转让后及时修改股东名册，记载受让方的股东身份及出资情况。根据《市场主体登记管理条例》，需向登记机关提交变更登记申请书、股东会决议、修改后的公司章程、股权转让协议、新旧股东身份证明等材料。工商变更登记是股权变更的对外公示要件，未经登记不得对抗善意第三人。
6. 税务申报与缴纳
转让方需就股权转让所得缴纳个人所得税，税率为20%，应纳税所得额=转让收入-股权原值-合理费用。受让方需按产权转移书据税目缴纳印花税，税率为0.05%。若涉及土地使用权、房屋等资产的股权转让，还可能涉及增值税、土地增值税等。需在签订协议后30日内向税务机关申报纳税，未依法纳税可能面临滞纳金或罚款。
特殊情形注意事项
国有股权或外商投资企业股权变更需额外经审批机关批准；
股权存在质押、冻结或被法院查封时，不得转让；
未成年人转让股权需由法定代理人代为办理，且不得损害未成年人利益。
综上，自然人股权变更需兼顾合同效力、公司内部程序、行政登记及税务合规，建议全程在专业律师指导下进行，以降低法律风险。
法律依据：
《中华人民共和国公司法》 第七十一条
有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。
股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让。
经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例；协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。
公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。
