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经济适用房交易需要缴纳的费用包括契税、印花税、土地出让金、个人所得税、交易手续费、登记费等。
契税，这是在房屋买卖中必须缴纳的税种。如果购买的经济适用房面积在90平方米及以下，且是家庭唯一住房，契税按照1%征收；若面积在90平方米以上，家庭唯一住房的契税为1.5%；若不是家庭唯一住房，契税则为3%。
印花税方面，目前对个人销售或购买住房暂免征收印花税，但在一些特殊情况下可能仍需缴纳，一般税率为房屋总价的0.05%。
土地出让金是经济适用房交易中较为特殊的一项费用。因为经济适用房土地性质一般为划拨，在上市交易时需要补缴土地出让金。通常按照房屋成交价格的1%缴纳，不过不同地区可能会有不同的计算方式和标准。
个人所得税也需要考虑。如果卖方出售的经济适用房满足“满五唯一”（即自用5年以上且是家庭唯一生活用房）的条件，可免征个人所得税；若不满足该条件，则需缴纳个人所得税。一般是按照房屋转让收入减除房屋原值、转让住房过程中缴纳的税金及有关合理费用后的余额的20%征收，或者按照房屋转让收入的1%征收。
交易手续费也是交易中产生的费用，一般按照每平方米3元的标准收取，由买卖双方各自承担一半。
登记费是办理房屋产权登记时需要缴纳的费用，住宅类房屋一般为每件80元。
在交易过程中可能还会涉及到评估费等其他费用。如果通过中介机构进行交易，还需要支付一定比例的中介费，通常为房屋成交价的1% - 3%左右。不同地区对于经济适用房交易费用的规定可能存在差异，在进行交易时，建议详细咨询当地的房产管理部门或税务部门，以确保准确了解并缴纳相关费用。
法律依据：
《不动产登记暂行条例》 第二十一条
登记事项自记载于不动产登记簿时完成登记。不动产登记机构完成登记，应当依法向申请人核发不动产权属证书或者登记证明。
《城市房地产管理法》 第六十一条
房地产转让或者变更时，应当向县级以上地方人民政府房产管理部门申请房产变更登记，并凭变更后的房屋所有权证书向同级人民政府土地管理部门申请土地使用权变更登记，经同级人民政府土地管理部门核实，由同级人民政府更换或者更改土地使用权证书。法律另有规定的，依照有关法律的规定办理。
