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证据不足而被长时间关押在看守所，可根据不同阶段采取相应措施。侦查阶段可能会撤销案件；审查起诉阶段检察院可能作出不起诉决定；审判阶段法院可能作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。
在司法实践中，证据不足却长时间关押在看守所的情况需要依据不同的诉讼阶段来处理。
侦查阶段：依据《中华人民共和国刑事诉讼法》规定，公安机关对被拘留的人，应当在拘留后的二十四小时以内进行讯问。在发现不应当拘留的时候，必须立即释放，发给释放证明。如果在侦查过程中，发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件；犯罪嫌疑人已被逮捕的，应当立即释放，发给释放证明，并且通知原批准逮捕的人民检察院。若经过侦查，证据不足且无法补充足够证据证明犯罪嫌疑人有罪，公安机关应及时解除对犯罪嫌疑人的羁押措施。
审查起诉阶段：人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。一旦作出不起诉决定，犯罪嫌疑人在押的，应当立即释放。
审判阶段：根据疑罪从无的原则，证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。也就是说，当法院经过审理认为公诉机关提供的证据不足以证明被告人有罪时，应依法宣告被告人无罪，被告人应被立即释放。
若犯罪嫌疑人、被告人因证据不足被超期羁押，还可以根据《中华人民共和国国家赔偿法》的相关规定申请国家赔偿，以维护自身的合法权益。
法律依据：
《中华人民共和国刑法》 第七十二条
对于被判处拘役、三年以下有期徒刑的犯罪分子，同时符合下列条件的，可以宣告缓刑，对其中不满十八周岁的人、怀孕的妇女和已满七十五周岁的人，应当宣告缓刑：
（一）犯罪情节较轻；
（二）有悔罪表现；
（三）没有再犯罪的危险；
（四）宣告缓刑对所居住社区没有重大不良影响。
《中华人民共和国刑事诉讼法》 第六十七条
人民法院、人民检察院和公安机关对有下列情形之一的犯罪嫌疑人、被告人，可以取保候审：
（一）可能判处管制、拘役或者独立适用附加刑的；
（二）可能判处有期徒刑以上刑罚，采取取保候审不致发生社会危险性的；
（三）患有严重疾病、生活不能自理，怀孕或者正在哺乳自己婴儿的妇女，采取取保候审不致发生社会危险性的；
（四）羁押期限届满，案件尚未办结，需要采取取保候审的。
取保候审由公安机关执行。
