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公司有债务时可以变更股东。公司债务与股东变更之间没有必然的限制关系，股东的变更并不影响公司对外债务的承担。
在法律层面，公司是独立的法人主体，具有独立的财产权。公司的债务由公司以其全部财产进行承担，股东仅以其认缴的出资额或认购的股份为限对公司承担责任。所以，公司存在债务这一情况本身，并不构成股东变更的障碍。
从实际操作流程来看，股东变更主要涉及到公司内部的决策程序和工商登记变更手续。在公司内部，需要按照公司章程的规定，经过一定的决策程序，如股东会决议等。只要股东会依照法定程序作出同意股东变更的决议，就可以进行后续的操作。
关于工商登记变更。股东变更需要向工商行政管理部门提交相关的材料，包括变更登记申请书、股东会决议、股权转让协议等。工商部门在审核这些材料符合要求后，会进行相应的登记变更。整个过程中，工商部门并不会因为公司存在债务而拒绝办理股东变更登记。
不过，虽然公司债务不影响股东变更，但在股东变更过程中，新老股东需要明确公司债务的情况。特别是在股权转让时，出让方和受让方应当在股权转让协议中对公司债务的承担问题作出明确约定。如果没有约定或者约定不明确，根据法律规定，公司的债务仍然由公司承担，但新老股东之间可能会因为债务问题产生纠纷。
如果股东在公司债务形成过程中存在过错，如出资不实、抽逃出资等行为，即使股东进行了变更，其仍然可能需要对公司债务承担相应的责任。公司有债务时可以变更股东，但要注意相关的法律规定和操作流程，以避免潜在的法律风险。
法律依据：
《中华人民共和国公司法》 第二十条
公司股东应当遵守法律、行政法规和公司章程，依法行使股东权利，不得滥用股东权利损害公司或者其他股东的利益；不得滥用公司法人独立地位和股东有限责任损害公司债权人的利益。
公司股东滥用股东权利给公司或者其他股东造成损失的，应当依法承担赔偿责任。
公司股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的，应当对公司债务承担连带责任。
