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分居两年向法院起诉离婚，法院会根据具体情况判决。若能认定因感情不和分居满两年，且经调解无效，法院一般会判决准予离婚；若不能认定是因感情不和分居，或虽分居两年但有和好可能，法院可能判决不准离婚。
在我国，离婚有协议离婚和诉讼离婚两种方式。当夫妻双方无法就离婚事宜达成一致时，可向法院提起离婚诉讼。对于分居两年的情况，法院在判决离婚时会遵循一定的法律规定和审查标准。
根据《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条规定，夫妻因感情不和分居满二年，调解无效的，应当准予离婚。这里强调了两个关键要素，一是“因感情不和分居”，二是“满二年”。
“因感情不和分居”是核心条件。分居可能有多种原因，比如工作原因、学习原因等，这些并非因感情问题导致的分居，即便时间达到两年，也不符合法定的离婚条件。法院在审理时，会综合多方面因素来判断分居是否基于感情不和。例如，会审查双方是否存在长期的矛盾冲突、是否有分居协议等证据来证明感情不和的事实。
“满二年”要求分居时间连续不间断达到两年。法院会要求当事人提供相关证据来证明分居的起始时间和持续时长，常见的证据包括租房合同、物业证明、证人证言等。
即便满足了“因感情不和分居满二年”的条件，法院在审理时也会先进行调解。调解是离婚诉讼的必经程序，目的是尝试修复夫妻关系，看是否有和好的可能。如果调解无效，且法院认定确实符合因感情不和分居满两年的法定情形，那么一般会判决准予离婚。
如果一方虽然主张分居两年，但无法提供充分证据证明是因感情不和分居，或者法院认为夫妻双方仍有和好的可能性，那么可能会判决不准离婚。当事人若对判决结果不服，可以在规定时间内上诉。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第一千零七十九条
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
