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婚内出轨生子办理出生证明和正常婚内生育办理流程基本一致，可在孩子出生的医疗保健机构办理。但可能会在某些环节遇到特殊情况，需根据实际情况处理。
《出生医学证明》是依据《中华人民共和国母婴保健法》出具的，证明婴儿出生状态、血亲关系以及申报国籍、户籍取得公民身份的法定医学证明。在一般情况下，只要孩子是在具有助产技术服务资质的医疗保健机构内出生的，该机构就会为其签发国家统一制发的《出生医学证明》。
办理出生证明通常需要提供父母双方的有效身份证件原件和复印件等基本材料。在填写出生证明相关信息时，通常会要求填写父母双方的姓名、身份证号等信息。即使是婚内出轨生子的情况，只要提供了真实有效的父母身份信息，医院通常不会因父母的婚姻道德问题而拒绝办理出生证明。
如果存在一些特殊情况，可能会使办理过程变得复杂。比如，出轨方不愿意在出生证明上登记自己的信息，而另一方又希望孩子的出生证明上有父亲或母亲的完整信息。这种情况下，如果无法协商一致，可能需要通过法律途径，如进行亲子鉴定来确定亲子关系，之后凭借亲子鉴定报告等相关材料办理出生证明。
如果孩子是在医疗保健机构外出生的，需要由新生儿父母或监护人凭出生医学记录、具有资质的鉴定机构出具的亲子鉴定证明、父母双方的居民户口簿和身份证等材料，向拟落户地县级卫生计生行政部门委托机构申领《出生医学证明》。婚内出轨生子在办理出生证明时应遵循相关规定和程序，遇到问题可咨询当地卫生健康部门或相关医疗机构。
法律依据：
《中华人民共和国户口登记条例》 第七条
婴儿出生后一个月以内，由户主、亲属、抚养人或者邻居向婴儿常住地户口登记机关申报出生登记。
弃婴，由收养人或者育婴机关向户口登记机关申报出生登记。
《中华人民共和国母婴保健法》 第二十三条
医疗保健机构和从事家庭接生的人员按照国务院卫生行政部门的规定，出具统一制发的新生儿出生医学证明；有产妇和婴儿死亡以及新生儿出生缺陷情况的，应当向卫生行政部门报告。
