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变更孩子抚养权的办理部门因变更方式而异。若双方协议变更，无需特定部门办理，双方自行签订书面变更协议即可，也可选择去公证处进行公证；若通过诉讼方式变更，则需向有管辖权的人民法院提起诉讼。
在实际生活中，孩子抚养权的变更有协议变更和诉讼变更两种情况。
对于协议变更，这是较为常见且相对简便的方式。当父母双方就孩子抚养权变更事宜达成一致意见时，他们可以自行签订一份书面的变更抚养权协议。这份协议明确了双方对于抚养权变更的意愿、变更后的抚养安排等重要内容。虽然法律并没有强制要求必须对该协议进行公证，但为了增强协议的证明力和公信力，避免日后可能出现的纠纷，双方可以选择前往当地的公证处办理公证手续。公证处会对协议的真实性、合法性进行审查，在确认无误后出具公证书。
而当双方无法就抚养权变更达成一致意见，或者一方认为另一方存在不适合继续抚养孩子的情形，如虐待孩子、患有严重疾病无法照顾孩子等，就需要通过诉讼的方式来变更抚养权。此时，应向有管辖权的人民法院提起诉讼。一般来说，这类案件由被告住所地人民法院管辖；如果被告住所地与经常居住地不一致的，则由经常居住地人民法院管辖。在诉讼过程中，主张变更抚养权的一方需要向法院提供充分的证据，证明变更抚养权符合孩子的最大利益，例如提供对方不履行抚养义务、孩子与对方共同生活不利于其身心健康等相关证据。法院会根据双方提供的证据、孩子的意愿（如果孩子达到一定年龄）以及其他相关情况，依法作出是否变更抚养权的判决。
法律依据：
《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民法典>婚姻家庭编的解释（一）》 第五十六条
具有下列情形之一，父母一方要求变更子女抚养关系的，人民法院应予支持：
（一）与子女共同生活的一方因患严重疾病或者因伤残无力继续抚养子女；
（二）与子女共同生活的一方不尽抚养义务或有虐待子女行为，或者其与子女共同生活对子女身心健康确有不利影响；
（三）已满八周岁的子女，愿随另一方生活，该方又有抚养能力；
（四）有其他正当理由需要变更。
第五十七条
父母双方协议变更子女抚养关系的，人民法院应予支持。
