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分居后申请离婚可通过协议离婚和诉讼离婚两种方式办理。协议离婚需双方就离婚事宜达成一致，共同到婚姻登记机关申请；诉讼离婚则是一方向法院提起离婚诉讼，由法院审理判决。
协议离婚
协议离婚是较为平和的离婚方式。夫妻双方要对离婚事项达成一致意见，包括子女抚养、财产分割、债务处理等问题。然后，双方需签订书面离婚协议。离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。
接下来，夫妻双方要共同到一方当事人常住户口所在地的婚姻登记机关办理离婚登记。办理时需携带本人的户口簿、身份证、本人的结婚证以及双方当事人共同签署的离婚协议书等材料。
自婚姻登记机关收到离婚登记申请并向当事人发放《离婚登记申请受理回执单》之日起三十日内，任何一方不愿意离婚的，可以持本人有效身份证件和《离婚登记申请受理回执单》，向受理离婚登记申请的婚姻登记机关撤回离婚登记申请，并亲自填写《撤回离婚登记申请书》。经婚姻登记机关核实无误后，发给《撤回离婚登记确认单》，并将离婚协议书等相关材料存档。自离婚冷静期届满后三十日内，双方未共同到婚姻登记机关申请发给离婚证的，视为撤回离婚登记申请。冷静期届满后，双方应当亲自到婚姻登记机关申请发给离婚证，经审查符合条件的，予以登记，发给离婚证。
诉讼离婚
若夫妻一方要求离婚，另一方不同意，或者双方对离婚相关事项无法达成一致，可以向有管辖权的人民法院提起离婚诉讼。通常是向被告住所地人民法院提起诉讼；被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民法院管辖。
起诉时，原告要向法院提交起诉状和相关证据。起诉状应写明原告和被告的基本信息、诉讼请求、事实与理由等。证据方面，如果以分居为由离婚，需提供能证明夫妻因感情不和分居满二年的证据，比如分居协议、租房合同、居委会证明等。
法院受理后，会先进行调解。调解无效的，会进入审理程序。经审理，法院认为夫妻感情确已破裂，调解无效的，会准予离婚。一般而言，因感情不和分居满二年是法院认定夫妻感情破裂的法定情形之一，但不是唯一情形。即使不符合分居两年的条件，只要有其他证据能证明夫妻感情破裂，法院也可能判决离婚。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第一千零七十六条
夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。
离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。
第一千零七十七条
自婚姻登记机关收到离婚登记申请之日起三十日内，任何一方不愿意离婚的，可以向婚姻登记机关撤回离婚登记申请。
