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股权转让不经过工商变更，并不影响股权转让合同的效力，但可能存在一些风险和问题，可通过协商、诉讼等方式解决。
需要明确的是，股权转让合同自双方达成合意并签订时生效，工商变更登记并非股权转让合同的生效要件。根据《民法典》的相关规定，依法成立的合同，自成立时生效，除非法律另有规定或者当事人另有约定。所以，即使没有办理工商变更登记，股权转让合同在符合法律规定的情况下依然是有效的。
然而，不进行工商变更登记会带来一些不利影响。一方面，从外部对抗角度来看，工商登记具有公示公信的效力。如果未办理变更登记，第三人可能基于工商登记的信息，认为原股东仍然是公司股东，并与其进行交易。一旦原股东将股权再次转让或者进行质押等处分行为，善意第三人的权益可能受到保护，而受让方的权益可能会受到损害。
另一方面，对于公司内部管理而言，未办理工商变更登记可能导致公司在股东名册等内部文件的记载与实际情况不符，影响公司的正常运营和决策。
当遇到股权转让不经过工商变更的情况时，可以采取以下措施。如果是因为转让方不配合办理工商变更登记，受让方可以依据股权转让合同的约定，要求转让方承担违约责任，通过协商的方式督促其履行协助办理变更登记的义务。如果协商不成，受让方可以向人民法院提起诉讼，请求法院判决转让方履行协助办理工商变更登记的义务，并要求其承担相应的赔偿责任。
此外，受让方也可以向公司提出申请，要求公司依据股权转让的事实，变更股东名册等内部文件的记载，并协助办理工商变更登记。公司有义务根据实际情况进行相应的变更操作。总之，股权转让后应及时办理工商变更登记，以保障各方的合法权益。
法律依据：
《中华人民共和国公司法》 第七十一条
有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。
股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让。
经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例；协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。
公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。
