主合同和补充协议不一致时,通常以补充协议为准,但前提是补充协议是双方真实意思表示,且符合法律规定。
在商业活动和各类民事交往中,主合同是确立双方基本权利义务关系的基础文件,而补充协议则是在主合同签订后,因各种原因对主合同内容进行补充、修改而达成的协议。从法律角度来看,补充协议具有重要的地位。
补充协议是对主合同未明确事项或者已明确事项进行变更的约定。当补充协议与主合同不一致时,一般认为补充协议是双方对主合同相关内容重新协商后的新约定。根据《中华人民共和国民法典》中关于合同变更的相关规定,当事人协商一致,可以变更合同。补充协议的达成实际上就是双方协商一致变更主合同的体现。
然而,补充协议要具有优先于主合同的效力,需要满足一定条件。补充协议必须是双方真实的意思表示。这意味着双方在签订补充协议时是自愿的,不存在欺诈、胁迫等情形。如果一方是在受到欺诈、胁迫的情况下签订的补充协议,那么该协议可能会被认定为可撤销的合同,在被撤销后就不能以其为准。
补充协议的内容不得违反法律法规的强制性规定,不得违背公序良俗。如果补充协议的内容违反了法律的强制性规定,比如涉及违法交易、逃避法律义务等,那么该补充协议将被认定为无效,也就不能作为确定双方权利义务的依据,此时仍应以合法有效的主合同为准。
此外,如果补充协议中明确约定仅对主合同的部分内容进行补充,而未涉及的部分仍以主合同为准,那么在这种情况下,不一致的部分以补充协议为准,未涉及的部分则继续适用主合同的规定。总之,在判断主合同和补充协议不一致时以哪个为准,需要综合考虑补充协议的合法性、有效性以及双方的真实意图等多方面因素。

法律依据:
《中华人民共和国民法典》 第五百一十条
合同生效后,当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的,可以协议补充;不能达成补充协议的,按照合同相关条款或者交易习惯确定。