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新农合大病二次报销流程主要包括提交申请、审核材料、报销核算和领取报销款。参保人准备好相关资料向医保经办机构提出申请，经审核通过后核算报销金额，最后可领取报销款项。
了解新农合大病二次报销的前提条件。一般来说，参保人在新农合报销后，个人自付的合规医疗费用超过当地规定的大病报销起付线，就可以申请二次报销。
准备申请材料。通常需要准备的材料有：参合居民身份证或户口簿原件、参合证（卡）原件；新农合补偿结算单；费用清单、出院小结或加盖原件收取单位公章的复印件；医疗机构费用发票，或加盖原件收存单位公章的复印件；特殊慢性病患者提供慢病证，或者二级以上医疗机构出具的特殊慢性病诊断证明、门诊病历；患者本人或能够提供与患者有关系证明的关系人银行汇款帐号。
然后，进行申请提交。参保人将准备好的材料提交至当地的医保经办机构。可以选择前往医保经办机构的服务窗口现场提交，也有部分地区支持通过线上渠道，如医保官方APP、公众号等进行材料上传申请。
接着，审核材料。医保经办机构会对提交的材料进行审核，核实材料的真实性和完整性。审核过程中可能会与医疗机构进行信息核对，以确保费用的合规性。
之后，报销核算。审核通过后，医保经办机构会根据当地的大病二次报销政策，对符合条件的费用进行核算，确定报销金额。
最后，领取报销款。核算完成后，报销款会通过指定的方式发放。一般有两种方式，一种是直接打入参保人提供的银行账户；另一种是参保人持相关凭证到医保经办机构服务窗口领取现金。整个新农合大病二次报销流程中，参保人要确保提供的材料真实有效，及时关注报销进度，以便顺利完成报销。
法律依据：
《中华人民共和国社会保险法》 第二十八条
符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
《中华人民共和国社会保险法》 第二十九条
参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。
社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。
