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医疗事故鉴定申请流程主要包括申请、受理、鉴定前准备、专家鉴定和出具鉴定书等阶段。
首先是申请环节。医患双方均可提出医疗事故鉴定申请。如果是患方，可在知道或者应当知道其身体健康受到损害之日起1年内，向卫生行政部门提出医疗事故争议处理申请。申请时需提交相关材料，如申请书，申请书应载明申请人的基本情况、有关事实、具体请求及理由等；还需提交身份证明、病历资料等。医疗机构则需提交住院患者的病程记录、死亡病例讨论记录、疑难病例讨论记录、会诊意见、上级医师查房记录等病历资料原件，抢救急危患者，在规定时间内补记的病历资料原件等。
其次是受理阶段。卫生行政部门收到申请后，会对提交的材料进行审核。对于符合受理条件的，予以受理；不符合受理条件的，会书面通知申请人并说明理由。自受理之日起5日内，卫生行政部门会将有关材料交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定，并书面通知申请人。
接着是鉴定前准备。医学会会在受理医疗事故技术鉴定之日起5日内，通知医疗事故争议双方当事人提交进行医疗事故技术鉴定所需的材料。当事人应当自收到医学会的通知之日起10日内提交有关医疗事故技术鉴定的材料、书面陈述及答辩。
然后进入专家鉴定环节。医学会会根据医疗事故争议所涉及的学科专业，确定专家鉴定组的构成和人数，原则上鉴定组人数为单数，涉及的主要学科的专家一般不得少于鉴定组成员的二分之一。专家鉴定组会认真审查双方当事人提交的材料，听取双方当事人的陈述及答辩并进行核实，之后通过合议，根据半数以上专家鉴定组成员的一致意见形成鉴定结论。
最后是出具鉴定书。鉴定书会包括双方当事人的基本情况及要求、当事人提交的材料和医学会的调查材料、对鉴定过程的说明、医疗行为是否违反医疗卫生管理法律、行政法规、部门规章和诊疗护理规范、常规等内容。医学会会在作出鉴定结论后10日内将医疗事故技术鉴定书送达移交鉴定的卫生行政部门，经卫生行政部门审核，对符合规定作出的医疗事故技术鉴定结论，应当及时送达双方当事人；由双方当事人共同委托的，直接送达双方当事人。
法律依据：
《医疗事故处理条例》 第二十条
卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告或者医疗事故争议当事人要求处理医疗事故争议的申请后，对需要进行医疗事故技术鉴定的，应当交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定；医患双方协商解决医疗事故争议，需要进行医疗事故技术鉴定的，由双方当事人共同委托负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。
