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法人自然死亡公司不会自动注销。法人死亡只是公司登记事项中的一项发生了变化，公司依然具有独立的法人资格和民事主体地位，并不会因为法人的死亡而自动消失主体资格。
公司的独立法人地位。公司是具有独立法人资格的组织，有自己独立的财产、名称、组织机构和场所，以其全部财产对公司的债务承担责任。法人（法定代表人）作为公司的代表，主要负责代表公司进行各种业务活动和决策，但法人的自然死亡并不影响公司本身的存在。公司的存续是基于其在工商行政管理部门的登记注册，只要公司没有依法完成注销程序，就依然是合法存在的市场主体。
注销的法定程序。公司注销需要遵循一系列法定程序，不能自动完成。一般来说，公司注销要经过以下步骤：成立清算组，清算组要对公司的资产、债权债务等进行全面清理和核算。接着通知债权人申报债权，并进行公告。然后制定清算方案，对公司财产进行分配。之后要办理税务注销登记，确保公司没有税务遗留问题。最后到工商行政管理部门办理注销登记手续，提交相关文件，经审核通过后，公司才正式注销。
法人死亡后的处理。当法人自然死亡后，公司需要及时进行变更登记，选举新的法定代表人，并到工商行政管理部门办理法定代表人变更手续。这样可以保证公司的正常运营和对外交易的顺利进行。如果公司因为法人死亡等原因决定不再继续经营，那么就需要按照上述的注销程序来办理公司注销，而不是等待自动注销。
法律依据：
《中华人民共和国公司法》 第十三条
公司法定代表人依照公司章程的规定，由董事长、执行董事或者经理担任，并依法登记。公司法定代表人变更，应当办理变更登记。
第七条
依法设立的公司，由公司登记机关发给公司营业执照。公司营业执照签发日期为公司成立日期。
公司营业执照应当载明公司的名称、住所、注册资本、经营范围、法定代表人姓名等事项。
公司营业执照记载的事项发生变更的，公司应当依法办理变更登记，由公司登记机关换发营业执照。
